More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1952 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1952  two-component sensor NarX  100 
 
 
591 aa  1204    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107015  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2636  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.36 
 
 
583 aa  905    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761488  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  34.7 
 
 
622 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  34.54 
 
 
622 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
618 aa  305  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1005  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  33.44 
 
 
644 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03848  Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific  31.13 
 
 
588 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1400  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
644 aa  278  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.324076  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.47 
 
 
603 aa  263  4.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.11 
 
 
602 aa  257  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  30.76 
 
 
623 aa  253  7e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  30.87 
 
 
594 aa  251  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3489  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.94 
 
 
560 aa  251  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0416624  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05380  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.45 
 
 
562 aa  250  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  29.84 
 
 
604 aa  249  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2407  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.52 
 
 
572 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.86 
 
 
572 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000510  nitrate/nitrite sensor protein  32.41 
 
 
578 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2369  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.66 
 
 
563 aa  244  3.9999999999999997e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.47 
 
 
566 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.47 
 
 
566 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.47 
 
 
566 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2317  nitrate/nitrite sensor protein NarX  30.25 
 
 
598 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2224  nitrate/nitrite sensor protein NarX  30.19 
 
 
589 aa  234  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.129909  normal  0.0788983 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2739  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.3 
 
 
566 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2846  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.3 
 
 
566 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.92 
 
 
564 aa  232  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.94 
 
 
593 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.94 
 
 
593 aa  229  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2300  nitrate/nitrite sensor protein NarX  30.65 
 
 
589 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.06 
 
 
566 aa  228  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  31.06 
 
 
566 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.06 
 
 
566 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  31.06 
 
 
566 aa  226  7e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.06 
 
 
566 aa  226  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  31.06 
 
 
566 aa  226  7e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.06 
 
 
566 aa  226  7e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.71 
 
 
598 aa  225  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.06 
 
 
566 aa  225  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1510  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.03 
 
 
573 aa  224  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.55 
 
 
598 aa  224  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.33 
 
 
598 aa  224  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.21 
 
 
598 aa  224  4e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.89 
 
 
566 aa  222  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  32.35 
 
 
637 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1374  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.07 
 
 
613 aa  222  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0573196  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1557  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.07 
 
 
598 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1961  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.07 
 
 
598 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.68817 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1897  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.07 
 
 
598 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.149462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0971  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.48 
 
 
567 aa  220  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.630053  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0621  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.26 
 
 
571 aa  220  6e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000745015  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1902  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.9 
 
 
598 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0930  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.07 
 
 
567 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000296832  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.52 
 
 
610 aa  217  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811522  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3835  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.52 
 
 
611 aa  217  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000336468  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0684  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.33 
 
 
600 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000102033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3653  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.78 
 
 
611 aa  216  9e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000268368  hitchhiker  0.0000153258 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0658  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.94 
 
 
598 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00020013  normal  0.301061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3364  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.94 
 
 
598 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000476716  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0793  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.97 
 
 
611 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000132706  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0614  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  30.23 
 
 
583 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.797988  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3981  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.47 
 
 
585 aa  212  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0657  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.21 
 
 
598 aa  211  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000696082  normal  0.197274 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
640 aa  210  5e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.21 
 
 
570 aa  210  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0843  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.78 
 
 
567 aa  209  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00390352  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0603  signal transduction histidine kinase sensor  27.86 
 
 
707 aa  207  5e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0220625  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  29.05 
 
 
570 aa  204  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2522  nitrate/nitrite sensor protein NarX  34.22 
 
 
380 aa  182  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
605 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  24.8 
 
 
643 aa  164  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 
638 aa  159  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  24.96 
 
 
638 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 
627 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  24.8 
 
 
636 aa  153  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0444  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  37 
 
 
603 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.96 
 
 
655 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2086  signal transduction histidine kinase NarQ  33.75 
 
 
671 aa  126  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
550 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1105  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
632 aa  125  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.097468  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  32.9 
 
 
646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5065  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  32.79 
 
 
675 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446679  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3597  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  0.378972 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4674  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4599  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  33.78 
 
 
637 aa  110  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0979  putative transmembrane nitrate/nitrite sensor kinase transcription regulator protein  34.93 
 
 
637 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2463  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 
415 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  31.17 
 
 
640 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  31.33 
 
 
644 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
638 aa  108  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.17 
 
 
640 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.17 
 
 
640 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.17 
 
 
640 aa  108  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.17 
 
 
644 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  31.17 
 
 
644 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>