49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2122 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  45.58 
 
 
1300 aa  908    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  41.06 
 
 
1296 aa  875    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  41.05 
 
 
1297 aa  871    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  45.12 
 
 
1117 aa  880    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  46.28 
 
 
1301 aa  919    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  43.6 
 
 
1287 aa  926    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  46.63 
 
 
1286 aa  992    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  53.59 
 
 
1300 aa  1244    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  38.62 
 
 
1305 aa  824    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  43.79 
 
 
996 aa  741    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  48.78 
 
 
1302 aa  1028    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  48.82 
 
 
1302 aa  1033    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  42.93 
 
 
1279 aa  882    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  100 
 
 
1290 aa  2539    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49.81 
 
 
1302 aa  1001    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  44.98 
 
 
1301 aa  911    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  50.08 
 
 
1300 aa  1040    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  41.32 
 
 
1296 aa  844    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  45.58 
 
 
1313 aa  1020    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  69.96 
 
 
1285 aa  1739    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  40.91 
 
 
1296 aa  878    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  78.53 
 
 
1297 aa  1927    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.76 
 
 
1263 aa  934    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  45.73 
 
 
1300 aa  910    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  45.73 
 
 
1300 aa  915    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  72.9 
 
 
1280 aa  1733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  78.76 
 
 
1283 aa  1987    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  70.81 
 
 
1284 aa  1756    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  41.53 
 
 
1306 aa  850    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  45.43 
 
 
1301 aa  915    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.96 
 
 
1252 aa  800    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  41.3 
 
 
1339 aa  915    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  29.45 
 
 
1111 aa  536  1e-150  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  26.93 
 
 
1206 aa  514  1e-144  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  44.95 
 
 
1483 aa  488  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  26.11 
 
 
1201 aa  483  1e-134  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2728  hypothetical protein  34.08 
 
 
752 aa  279  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00269441  normal  0.0201961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3054  hypothetical protein  32.7 
 
 
754 aa  261  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  31.06 
 
 
1056 aa  172  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  45.45 
 
 
734 aa  155  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  27.35 
 
 
1076 aa  155  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  43.84 
 
 
742 aa  140  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  40.28 
 
 
215 aa  123  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4080  hypothetical protein  27.43 
 
 
1124 aa  95.1  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292091  normal  0.032057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1647  hypothetical protein  27.43 
 
 
1124 aa  95.1  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.456797  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3058  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  28.57 
 
 
711 aa  60.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0569  hypothetical protein  25.09 
 
 
931 aa  52.4  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000706719  unclonable  6.43821e-20 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  28.65 
 
 
373 aa  47  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0554525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2724  putative phage associated protein  23.02 
 
 
703 aa  45.4  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000314154  normal  0.0508963 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>