46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1354 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  40.91 
 
 
1302 aa  804    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  38.49 
 
 
1296 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  40.61 
 
 
1297 aa  831    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  42.34 
 
 
1117 aa  819    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  40.61 
 
 
1301 aa  856    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  47.46 
 
 
1287 aa  1062    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  41.76 
 
 
1286 aa  880    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  41.03 
 
 
1300 aa  845    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  40.22 
 
 
1305 aa  857    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  41.52 
 
 
996 aa  684    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  43.99 
 
 
1279 aa  865    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  40.48 
 
 
1302 aa  749    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  41.68 
 
 
1301 aa  860    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  40.55 
 
 
1301 aa  843    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  41.01 
 
 
1300 aa  840    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  40.58 
 
 
1302 aa  793    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  40.89 
 
 
1300 aa  806    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  41.37 
 
 
1290 aa  879    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  40.02 
 
 
1296 aa  832    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  40.06 
 
 
1313 aa  863    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  42.16 
 
 
1285 aa  928    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  38.82 
 
 
1296 aa  797    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.34 
 
 
1297 aa  888    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  100 
 
 
1263 aa  2546    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  41.13 
 
 
1300 aa  845    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  43.27 
 
 
1280 aa  898    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  42.02 
 
 
1283 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  42.38 
 
 
1284 aa  926    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  39.19 
 
 
1306 aa  810    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  41.17 
 
 
1300 aa  845    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  39.08 
 
 
1252 aa  782    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  40.73 
 
 
1339 aa  891    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  46.99 
 
 
1483 aa  526  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  28.44 
 
 
1111 aa  479  1e-133  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  25.08 
 
 
1206 aa  438  1e-121  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  25.18 
 
 
1201 aa  427  1e-118  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2728  hypothetical protein  32.29 
 
 
752 aa  281  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00269441  normal  0.0201961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3054  hypothetical protein  31.52 
 
 
754 aa  258  7e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  28.26 
 
 
1056 aa  156  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  27.26 
 
 
1076 aa  137  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  41.9 
 
 
734 aa  123  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  38.76 
 
 
742 aa  118  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  35.94 
 
 
215 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0569  hypothetical protein  24.14 
 
 
931 aa  55.8  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000706719  unclonable  6.43821e-20 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2724  putative phage associated protein  24.73 
 
 
703 aa  51.2  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000314154  normal  0.0508963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3058  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  29.37 
 
 
711 aa  49.3  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>