48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2887 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  42.41 
 
 		 1301 aa  842    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  55.48 
 
 		 1296 aa  1332    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  58.1 
 
 		 1297 aa  1381    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  45.4 
 
 		 1117 aa  878    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  43.06 
 
 		 1301 aa  855    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  39.44 
 
 		 1287 aa  766    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  44.46 
 
 		 1286 aa  931    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  41.63 
 
 		 1300 aa  852    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  55.05 
 
 		 1305 aa  1342    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  43.47 
 
 		 996 aa  718    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  42.68 
 
 		 1300 aa  854    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  39.25 
 
 		 1302 aa  712    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  42.38 
 
 		 1279 aa  853    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  39.41 
 
 		 1302 aa  714    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  39.73 
 
 		 1302 aa  666    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  43.41 
 
 		 1301 aa  850    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  40.56 
 
 		 1290 aa  774    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  39.13 
 
 		 1300 aa  701    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  100 
 
 		 1296 aa  2552    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  41.66 
 
 		 1313 aa  896    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  41.36 
 
 		 1285 aa  873    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  56.02 
 
 		 1296 aa  1336    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.41 
 
 		 1297 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  40.02 
 
 		 1263 aa  832    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  42.76 
 
 		 1300 aa  859    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  56.4 
 
 		 1483 aa  641    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.16 
 
 		 1280 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  40.82 
 
 		 1283 aa  840    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  41.1 
 
 		 1284 aa  849    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  52.33 
 
 		 1306 aa  1256    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  42.83 
 
 		 1300 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  41.4 
 
 		 1252 aa  826    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  42.06 
 
 		 1339 aa  906    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  27.16 
 
 		 1111 aa  472  1.0000000000000001e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  22.59 
 
 		 1206 aa  446  1e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  22.15 
 
 		 1201 aa  435  1e-120  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3054  hypothetical protein  32.33 
 
 		 754 aa  300  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2728  hypothetical protein  33.75 
 
 		 752 aa  293  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00269441  normal  0.0201961 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  42.72 
 
 		 734 aa  147  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  41.26 
 
 		 742 aa  132  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  24.37 
 
 		 1056 aa  126  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  26.55 
 
 		 1076 aa  111  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1647  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1124 aa  98.6  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.456797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4080  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1124 aa  98.6  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292091  normal  0.032057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  29.41 
 
 		 215 aa  80.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0569  hypothetical protein  24.6 
 
 		 931 aa  58.9  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000706719  unclonable  6.43821e-20 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3058  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  28.37 
 
 		 711 aa  53.5  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  29.38 
 
 		 373 aa  49.7  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0554525 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>