48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1824 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  47.32 
 
 
1301 aa  953    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  41.91 
 
 
1296 aa  897    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  42.81 
 
 
1297 aa  907    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  46.4 
 
 
1117 aa  899    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  46.92 
 
 
1301 aa  952    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  44.3 
 
 
1287 aa  959    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  49.23 
 
 
1286 aa  1073    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  54.12 
 
 
1300 aa  1266    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  40.53 
 
 
1305 aa  858    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  45.9 
 
 
996 aa  766    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  46.96 
 
 
1300 aa  949    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49 
 
 
1302 aa  1060    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  45.32 
 
 
1279 aa  930    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49.19 
 
 
1302 aa  1012    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  46.37 
 
 
1301 aa  946    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  48.74 
 
 
1302 aa  1052    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  72.51 
 
 
1290 aa  1743    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  50.19 
 
 
1300 aa  1063    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  41.93 
 
 
1296 aa  887    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  48.72 
 
 
1313 aa  1114    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  72.53 
 
 
1285 aa  1818    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  41.91 
 
 
1296 aa  900    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  73.43 
 
 
1297 aa  1825    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  43.52 
 
 
1263 aa  963    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  47.26 
 
 
1300 aa  957    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  100 
 
 
1280 aa  2539    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  74.94 
 
 
1283 aa  1883    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  73.68 
 
 
1284 aa  1838    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  42.05 
 
 
1306 aa  863    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  47.18 
 
 
1300 aa  955    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  43.53 
 
 
1252 aa  837    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  43.46 
 
 
1339 aa  959    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  29.38 
 
 
1111 aa  528  1e-148  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  46.43 
 
 
1483 aa  519  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  26.04 
 
 
1206 aa  493  1e-137  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  25.95 
 
 
1201 aa  477  1e-133  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2728  hypothetical protein  33.86 
 
 
752 aa  269  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00269441  normal  0.0201961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3054  hypothetical protein  33.44 
 
 
754 aa  264  6.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  30.77 
 
 
1056 aa  160  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  28.49 
 
 
1076 aa  157  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  45.89 
 
 
734 aa  148  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  44.39 
 
 
742 aa  145  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  40.78 
 
 
215 aa  136  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4080  hypothetical protein  27.72 
 
 
1124 aa  124  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292091  normal  0.032057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1647  hypothetical protein  29.19 
 
 
1124 aa  124  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.456797  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0569  hypothetical protein  24.35 
 
 
931 aa  71.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000706719  unclonable  6.43821e-20 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2724  putative phage associated protein  24.34 
 
 
703 aa  59.3  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000314154  normal  0.0508963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3058  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  25.41 
 
 
711 aa  55.1  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>