43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2489 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  100 
 
 		 1076 aa  2177    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  29.98 
 
 		 1056 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  28.87 
 
 		 1283 aa  172  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  29.23 
 
 		 1297 aa  163  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  28.32 
 
 		 1313 aa  158  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  26.35 
 
 		 1285 aa  147  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  30.13 
 
 		 1300 aa  147  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  26.69 
 
 		 1284 aa  144  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  24.35 
 
 		 1206 aa  144  9.999999999999999e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  28.76 
 
 		 1280 aa  142  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  28.41 
 
 		 1290 aa  142  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  27.66 
 
 		 1301 aa  140  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  27.26 
 
 		 1263 aa  137  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  28.03 
 
 		 996 aa  137  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  28.47 
 
 		 1300 aa  134  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  25.09 
 
 		 1201 aa  134  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  25.57 
 
 		 1339 aa  133  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  28.3 
 
 		 1300 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  28.3 
 
 		 1300 aa  132  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  27.79 
 
 		 1301 aa  132  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  28.1 
 
 		 1301 aa  131  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  30.11 
 
 		 1286 aa  130  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  27.86 
 
 		 1302 aa  122  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  28.68 
 
 		 1300 aa  117  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  26.24 
 
 		 1302 aa  115  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  27.11 
 
 		 1297 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  26.55 
 
 		 1296 aa  110  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  25 
 
 		 1305 aa  110  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  34.95 
 
 		 742 aa  107  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  33.49 
 
 		 1111 aa  102  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  24.68 
 
 		 1483 aa  101  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  26.44 
 
 		 1279 aa  99.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4080  hypothetical protein  25.15 
 
 		 1124 aa  100  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292091  normal  0.032057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1647  hypothetical protein  25.15 
 
 		 1124 aa  100  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.456797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  28.21 
 
 		 1302 aa  99  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  29.15 
 
 		 734 aa  95.9  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  23.9 
 
 		 1287 aa  95.9  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  24.51 
 
 		 1296 aa  95.9  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  33.76 
 
 		 1117 aa  93.2  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  24.33 
 
 		 1296 aa  91.3  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  24.65 
 
 		 1252 aa  90.5  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  25.88 
 
 		 1306 aa  87.4  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  33.49 
 
 		 215 aa  84.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>