49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1993 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2012  gene transfer agent (GTA) like protein  46.12 
 
 
1300 aa  937    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190757  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1144  putative phage host specificity protein  41.63 
 
 
1296 aa  890    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383644  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1089  hypothetical protein  42.71 
 
 
1297 aa  903    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.466235  normal  0.0337105 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3714  hypothetical protein  45.33 
 
 
1117 aa  889    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2599  gene transfer agent (GTA) like protein  46.15 
 
 
1301 aa  942    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0600  hypothetical protein  44.61 
 
 
1287 aa  954    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0919  gene transfer agent (GTA) like protein  48.34 
 
 
1286 aa  1040    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3171  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  54.47 
 
 
1300 aa  1264    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997359  normal  0.0327353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2163  hypothetical protein  39.88 
 
 
1305 aa  854    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3077  gene transfer agent (GTA) like protein  44.52 
 
 
996 aa  759    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.759421  normal  0.242623 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1692  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49.27 
 
 
1302 aa  1047    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.281256  normal  0.701211 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1418  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49.69 
 
 
1302 aa  1055    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170545  normal  0.0550012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3901  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  43.69 
 
 
1279 aa  885    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.0322249 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2122  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  78.3 
 
 
1290 aa  1890    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0264351  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4980  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  49.77 
 
 
1302 aa  1003    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5975  gene transfer agent (GTA) like protein  46 
 
 
1301 aa  941    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.161454 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1414  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  50.61 
 
 
1300 aa  1048    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  0.0805686 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2887  putative phage host specificity protein  41.05 
 
 
1296 aa  854    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0568102  normal  0.211291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0792  gene transfer agent (GTA) like protein  47.08 
 
 
1313 aa  1066    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.780926 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1181  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  72.4 
 
 
1285 aa  1820    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2479  putative phage host specificity protein  41.78 
 
 
1296 aa  899    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3458  gene transfer agent (GTA) orfg15  84.67 
 
 
1297 aa  2108    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384127  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1354  gene transfer agent (GTA) orfg15  42.17 
 
 
1263 aa  933    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.678989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7312  gene transfer agent (GTA) like protein  46.27 
 
 
1300 aa  939    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6574  gene transfer agent (GTA) like protein  46.35 
 
 
1300 aa  944    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1824  gene transfer agent (GTA) orfg15  74.94 
 
 
1280 aa  1774    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51325  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1993  gene transfer agent (GTA) orfg15  100 
 
 
1283 aa  2544    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.263252  normal  0.679187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1426  gene transfer agent (GTA) orfg15, like protein  73.62 
 
 
1284 aa  1845    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1072  hypothetical protein  40.8 
 
 
1306 aa  829    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0995947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4296  gene transfer agent (GTA) like protein  46.04 
 
 
1301 aa  945    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680224  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0933  gene transfer agent (GTA) orfg15  42.83 
 
 
1252 aa  849    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.264711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0270  gene transfer agent (GTA) like protein  41.86 
 
 
1339 aa  930    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.67619  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0382  hypothetical protein  29.1 
 
 
1111 aa  522  1e-146  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0253  hypothetical protein  26.51 
 
 
1206 aa  513  1e-144  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1646  hypothetical protein  45.86 
 
 
1483 aa  509  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.734787 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0836  hypothetical protein  25.81 
 
 
1201 aa  483  1e-135  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2728  hypothetical protein  33.86 
 
 
752 aa  279  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00269441  normal  0.0201961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3054  hypothetical protein  32.72 
 
 
754 aa  258  6e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7158  hypothetical protein  31.01 
 
 
1056 aa  182  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0559079  normal  0.193255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2489  hypothetical protein  28.87 
 
 
1076 aa  172  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3132  hypothetical protein  46.15 
 
 
734 aa  157  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00254954  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1990  hypothetical protein  42.86 
 
 
742 aa  149  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.000570978  normal  0.0169131 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3718  hypothetical protein  42.86 
 
 
215 aa  131  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4080  hypothetical protein  26.95 
 
 
1124 aa  105  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.292091  normal  0.032057 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1647  hypothetical protein  26.95 
 
 
1124 aa  105  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.456797  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0569  hypothetical protein  24.94 
 
 
931 aa  59.3  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000706719  unclonable  6.43821e-20 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3058  conserved hypothetical protein, putative phage associated protein  29.14 
 
 
711 aa  55.8  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2724  putative phage associated protein  25 
 
 
703 aa  54.3  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000314154  normal  0.0508963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4018  hypothetical protein  27.22 
 
 
373 aa  47.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0554525 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>