More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4223 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3423  preprotein translocase subunit SecY  85.09 
 
 		 436 aa  736    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.23916 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2999  preprotein translocase subunit SecY  77.93 
 
 		 448 aa  667    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0377089  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3149  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0275585  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2305  preprotein translocase subunit SecY  89.4 
 
 		 437 aa  762    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.773218 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3498  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2612  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227089  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3318  preprotein translocase subunit SecY  78.21 
 
 		 441 aa  699    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0339  preprotein translocase subunit SecY  79.82 
 
 		 440 aa  714    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000142446  unclonable  0.0000000706243 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3159  preprotein translocase subunit SecY  78.78 
 
 		 447 aa  671    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453709  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0425  preprotein translocase subunit SecY  78.16 
 
 		 437 aa  684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.65116  normal  0.157207 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0393  preprotein translocase subunit SecY  89.22 
 
 		 439 aa  776    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0413341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1944  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3756  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.132887  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0621  preprotein translocase subunit SecY  87.84 
 
 		 439 aa  770    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0787  preprotein translocase subunit SecY  77.88 
 
 		 442 aa  678    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0142235  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3048  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  653    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.20022  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3784  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4223  preprotein translocase subunit SecY  100 
 
 		 436 aa  872    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0505149  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2819  preprotein translocase subunit SecY  77.9 
 
 		 448 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.83211  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0299  preprotein translocase subunit SecY  74.48 
 
 		 440 aa  642    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  hitchhiker  0.00000321163 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0495  preprotein translocase subunit SecY  88.76 
 
 		 439 aa  746    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0334  preprotein translocase subunit SecY  77.22 
 
 		 448 aa  647    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507904  decreased coverage  0.00438746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3277  preprotein translocase subunit SecY  78.98 
 
 		 440 aa  664    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.821024  hitchhiker  0.000244814 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2930  preprotein translocase subunit SecY  78.98 
 
 		 440 aa  664    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000799077 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3297  preprotein translocase subunit SecY  77.88 
 
 		 447 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3929  preprotein translocase subunit SecY  85.06 
 
 		 436 aa  731    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0073  preprotein translocase, SecY subunit  76.15 
 
 		 445 aa  665    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.867918  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0070  preprotein translocase, SecY subunit  74.31 
 
 		 445 aa  638    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.314815  hitchhiker  0.0000000000414881 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0340  preprotein translocase subunit SecY  89.66 
 
 		 435 aa  749    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670272  hitchhiker  0.000594925 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0287  preprotein translocase subunit SecY  77.73 
 
 		 449 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.464033  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3726  preprotein translocase subunit SecY  77.45 
 
 		 448 aa  636    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0105177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1042  preprotein translocase subunit SecY  89.45 
 
 		 439 aa  775    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0401  preprotein translocase subunit SecY  89.22 
 
 		 439 aa  776    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5050  preprotein translocase subunit SecY  86.96 
 
 		 437 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.34117  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3624  preprotein translocase subunit SecY  77.22 
 
 		 448 aa  647    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0024204  hitchhiker  0.0000000000316341 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3467  preprotein translocase subunit SecY  77.5 
 
 		 449 aa  633  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131731  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0347  preprotein translocase subunit SecY  77.5 
 
 		 449 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.85548  normal  0.204606 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2739  preprotein translocase subunit SecY  77.5 
 
 		 449 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.123244  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0368  preprotein translocase subunit SecY  77.5 
 
 		 449 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142471  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0269  preprotein translocase subunit SecY  77.73 
 
 		 449 aa  634  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432413  normal  0.0196675 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0296  preprotein translocase subunit SecY  78.71 
 
 		 425 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000308109  normal  0.0856624 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2305  preprotein translocase subunit SecY  68.98 
 
 		 453 aa  598  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0325321  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0315  preprotein translocase subunit SecY  67.67 
 
 		 437 aa  598  1e-170  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0598799  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0233  preprotein translocase subunit SecY  67.06 
 
 		 446 aa  596  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000181445  unclonable  0.0000105897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00958  preprotein translocase subunit SecY  67.68 
 
 		 434 aa  592  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0058755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4670  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000509869  unclonable  0.0000000121988 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4298  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  unclonable  0.0000000000837901 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0343  preprotein translocase, SecY subunit  68.06 
 
 		 444 aa  591  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000192463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0178  preprotein translocase subunit SecY  65.88 
 
 		 446 aa  587  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000408952  hitchhiker  0.00214614 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1009  preprotein translocase subunit SecY  64.83 
 
 		 439 aa  585  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00114462  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0219  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000744124  unclonable  0.0000000000304117 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0214  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000092283  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0168  preprotein translocase subunit SecY  66.59 
 
 		 446 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0219  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000110874  hitchhiker  0.00000000176689 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2352  preprotein translocase subunit SecY  63.91 
 
 		 441 aa  580  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299181  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0251  preprotein translocase subunit SecY  66.12 
 
 		 446 aa  579  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3739  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  578  1e-164  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000605107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0204  preprotein translocase subunit SecY  65.88 
 
 		 446 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000662692  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4036  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000184742  unclonable  0.00000000000435138 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0190  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000711222  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0216  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000065492  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2304  preprotein translocase subunit SecY  71.66 
 
 		 451 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0220  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000798254  hitchhiker  0.00367272 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4150  preprotein translocase subunit SecY  66.35 
 
 		 446 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000158721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0838  preprotein translocase subunit SecY  67.61 
 
 		 434 aa  574  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2149  preprotein translocase, SecY subunit  67.27 
 
 		 448 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0576412  normal  0.122998 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0739  preprotein translocase subunit SecY  64.14 
 
 		 440 aa  568  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00521081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0517  preprotein translocase, SecY subunit  65.65 
 
 		 443 aa  566  1e-160  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.120445  unclonable  0.0000000000266535 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0478  preprotein translocase subunit SecY  68.06 
 
 		 447 aa  566  1e-160  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0347  preprotein translocase, SecY subunit  65.65 
 
 		 443 aa  566  1e-160  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.742267  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0441  preprotein translocase subunit SecY  62.99 
 
 		 443 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001722  preprotein translocase SecY subunit  64.32 
 
 		 444 aa  558  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000228975  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00750  preprotein translocase subunit SecY  64.09 
 
 		 444 aa  555  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0340  preprotein translocase subunit SecY  65.27 
 
 		 443 aa  558  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00542322  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4256  preprotein translocase subunit SecY  64.07 
 
 		 443 aa  555  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193642  unclonable  0.00000000000448849 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0504  preprotein translocase subunit SecY  62.03 
 
 		 443 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0474  preprotein translocase subunit SecY  62.03 
 
 		 443 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.733359  hitchhiker  0.00000433507 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2154  preprotein translocase subunit SecY  64.09 
 
 		 444 aa  554  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000317062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0507  preprotein translocase subunit SecY  62.03 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0640452  normal  0.0135524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4729  preprotein translocase subunit SecY  62.03 
 
 		 443 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0376135  normal  0.430849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3889  preprotein translocase subunit SecY  61.47 
 
 		 442 aa  548  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000822061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0646  preprotein translocase, SecY subunit  61.79 
 
 		 444 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4528  preprotein translocase subunit SecY  61.79 
 
 		 444 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447133  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5059  preprotein translocase subunit SecY  62.26 
 
 		 442 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000898122  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0857  preprotein translocase subunit SecY  60.94 
 
 		 442 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09050  preprotein translocase subunit SecY  60.94 
 
 		 442 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.224184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3802  preprotein translocase subunit SecY  67.29 
 
 		 443 aa  545  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0290035  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0621  preprotein translocase, SecY subunit  64.4 
 
 		 445 aa  543  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.104459  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0602  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129742  normal  0.608925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0343  preprotein translocase subunit SecY  66.82 
 
 		 443 aa  543  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0283563  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4524  preprotein translocase subunit SecY  66.59 
 
 		 443 aa  542  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000295503  hitchhiker  0.00000897343 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3981  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  543  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0303  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000136571  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0425  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  543  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0561363  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3894  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000749966  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3731  preprotein translocase subunit SecY  67.52 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00374977  hitchhiker  0.00528746 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0413  preprotein translocase, SecY subunit  67.05 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000043612  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3494  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000269315  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3616  preprotein translocase subunit SecY  66.82 
 
 		 443 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00028758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3685  preprotein translocase subunit SecY  67.05 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123554  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>