226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3604 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3604  threonine aldolase  100 
 
 
355 aa  716    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.51138  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4454  L-threonine aldolase  75 
 
 
370 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0576  Threonine aldolase  78.67 
 
 
352 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3651  threonine aldolase  79.32 
 
 
349 aa  501  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0639  L-threonine aldolase  61.19 
 
 
354 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1686  threonine aldolase  59.44 
 
 
356 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3557  threonine aldolase  61 
 
 
334 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.443725  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1841  threonine aldolase, low-specificity  59.53 
 
 
334 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4276  L-threonine aldolase  61.29 
 
 
334 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2904  L-threonine aldolase  61.88 
 
 
334 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0643317  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0270  L-threonine aldolase  60.17 
 
 
339 aa  371  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2147  L-allo-threonine aldolase  57.71 
 
 
461 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3310  threonine aldolase  59.2 
 
 
337 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124779  normal  0.12149 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4794  threonine aldolase  58.91 
 
 
337 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331333  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05668  L-allo-threonine aldolase  53.49 
 
 
334 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0178  L-threonine aldolase  58.62 
 
 
337 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52610  hypothetical protein  62.17 
 
 
334 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1771  L-allo-threonine aldolase  57.43 
 
 
397 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.444188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1125  L-allo-threonine aldolase  57.43 
 
 
397 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.628839  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5386  threonine aldolase  58.05 
 
 
337 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5475  threonine aldolase  58.05 
 
 
337 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5364  threonine aldolase  58.33 
 
 
337 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0430  low-specificity L-threonine aldolase  57.68 
 
 
337 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0337  low-specificity L-threonine aldolase  57.68 
 
 
337 aa  364  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2098  L-allo-threonine aldolase  57.43 
 
 
458 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1834  L-allo-threonine aldolase  57.68 
 
 
337 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0852562  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0834  L-allo-threonine aldolase  57.68 
 
 
337 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0108221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4613  hypothetical protein  61 
 
 
334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4817  threonine aldolase  57.76 
 
 
337 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0706  L-allo-threonine aldolase  54.78 
 
 
343 aa  361  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3162  L-allo-threonine aldolase  56.94 
 
 
348 aa  360  2e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1663  L-threonine aldolase  53.94 
 
 
338 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.469796  normal  0.726429 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00875  L-allo-threonine aldolase, PLP-dependent  56.43 
 
 
333 aa  359  4e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00881  hypothetical protein  56.43 
 
 
333 aa  359  4e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.554159  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0974  L-threonine aldolase  56.43 
 
 
333 aa  358  6e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0943  L-threonine aldolase  56.43 
 
 
333 aa  358  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.59  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000046  low-specificity L-threonine aldolase  52.03 
 
 
334 aa  358  6e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2726  L-threonine aldolase  56.43 
 
 
333 aa  358  6e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0899  L-threonine aldolase  56.43 
 
 
333 aa  358  6e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.859325 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2772  Threonine aldolase  56.14 
 
 
333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.826971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1031  L-threonine aldolase  55.85 
 
 
333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3169  threonine aldolase  56.89 
 
 
337 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000533874  unclonable  0.00000438048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3026  threonine aldolase  56.4 
 
 
337 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2705  L-threonine aldolase  55.33 
 
 
351 aa  355  7.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1352  Threonine aldolase  56.89 
 
 
337 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000809376  unclonable  0.00000000000146629 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3793  threonine aldolase  57.02 
 
 
334 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3338  L-allo-threonine aldolase  56.3 
 
 
337 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2461  L-threonine aldolase  55.85 
 
 
333 aa  355  8.999999999999999e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.994155  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1001  L-threonine aldolase  57.02 
 
 
333 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1208  L-threonine aldolase  56.01 
 
 
337 aa  354  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000586474  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0969  L-threonine aldolase  57.02 
 
 
333 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2204  L-threonine aldolase  58.26 
 
 
335 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3011  threonine aldolase  56.89 
 
 
337 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000665478  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1278  L-threonine aldolase  56.01 
 
 
337 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000270333  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1032  L-threonine aldolase  57.02 
 
 
333 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1207  L-threonine aldolase  56.01 
 
 
337 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000862399  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0934  L-threonine aldolase  57.02 
 
 
333 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1051  L-threonine aldolase  57.02 
 
 
333 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2620  L-threonine aldolase  55.69 
 
 
339 aa  352  7e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1588  L-threonine aldolase  55.69 
 
 
339 aa  351  8.999999999999999e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5968  Threonine aldolase  58.26 
 
 
335 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.904259  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1142  threonine aldolase  53.2 
 
 
338 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000636367  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3480  Threonine aldolase  56.52 
 
 
339 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277913 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2673  threonine aldolase  55.43 
 
 
337 aa  345  6e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371505  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2801  threonine aldolase  54.94 
 
 
336 aa  344  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1361  threonine aldolase  55 
 
 
342 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000121527  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2292  threonine aldolase  51.45 
 
 
337 aa  341  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.899538  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3418  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  55.36 
 
 
339 aa  340  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2462  threonine aldolase  54.83 
 
 
336 aa  339  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000261845  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1386  L-threonine aldolase  52.92 
 
 
333 aa  338  7e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1155  threonine aldolase  55.81 
 
 
335 aa  338  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000619042  decreased coverage  0.00631546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1347  threonine aldolase  52.91 
 
 
336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000974839  decreased coverage  0.000000417727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1448  L-threonine aldolase  56.61 
 
 
339 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1247  threonine aldolase  53.49 
 
 
336 aa  331  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0103654  normal  0.613699 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0582  L-allo-threonine aldolase  50.15 
 
 
366 aa  331  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.519824  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0097  threonine aldolase  57.47 
 
 
339 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435466  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2205  threonine aldolase  52.28 
 
 
337 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2345  threonine aldolase  51.06 
 
 
337 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0699  threonine aldolase  50.57 
 
 
353 aa  319  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0162  L-threonine aldolase  50.57 
 
 
367 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0734  threonine aldolase  49.43 
 
 
359 aa  292  5e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0218  L-threonine aldolase  47.14 
 
 
344 aa  273  3e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1282  Threonine aldolase  45.3 
 
 
357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12103  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2851  L-threonine aldolase  49.85 
 
 
343 aa  268  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185965  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0206  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  43.27 
 
 
345 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1036  threonine aldolase  47.01 
 
 
344 aa  266  4e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1115  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  45.61 
 
 
344 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3740  threonine aldolase  48.1 
 
 
343 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.848875 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0796  L-threonine aldolase  48.4 
 
 
340 aa  264  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.199246  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_161  threonine aldolase  45.4 
 
 
344 aa  263  3e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1081  threonine aldolase  42.65 
 
 
343 aa  260  2e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3444  Threonine aldolase  47.79 
 
 
359 aa  260  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0251232 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1039  threonine aldolase  42.65 
 
 
343 aa  260  2e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6238  Threonine aldolase  42.32 
 
 
340 aa  258  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4745  Threonine aldolase  44.32 
 
 
339 aa  256  3e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.285459 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0105  threonine aldolase  44.35 
 
 
344 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0310789  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0228  Threonine aldolase  41.03 
 
 
353 aa  255  8e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0449  Threonine aldolase  42.73 
 
 
343 aa  252  5.000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078963  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1729  Threonine aldolase  45.48 
 
 
343 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.446616  normal  0.527107 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3290  Threonine aldolase  44.02 
 
 
344 aa  249  7e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.170768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>