250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1001 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0934  L-threonine aldolase  99.4 
 
 
333 aa  679    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1001  L-threonine aldolase  100 
 
 
333 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1051  L-threonine aldolase  99.4 
 
 
333 aa  679    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1032  L-threonine aldolase  99.4 
 
 
333 aa  679    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0969  L-threonine aldolase  99.1 
 
 
333 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2772  Threonine aldolase  88.59 
 
 
333 aa  621  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.826971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0943  L-threonine aldolase  88.59 
 
 
333 aa  621  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.59  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0974  L-threonine aldolase  88.59 
 
 
333 aa  621  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2726  L-threonine aldolase  88.59 
 
 
333 aa  621  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00875  L-allo-threonine aldolase, PLP-dependent  88.29 
 
 
333 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1031  L-threonine aldolase  88.29 
 
 
333 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2461  L-threonine aldolase  88.29 
 
 
333 aa  618  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.994155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0899  L-threonine aldolase  88.29 
 
 
333 aa  619  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.859325 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00881  hypothetical protein  88.29 
 
 
333 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.554159  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1386  L-threonine aldolase  85.89 
 
 
333 aa  605  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1663  L-threonine aldolase  70.27 
 
 
338 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.469796  normal  0.726429 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2705  L-threonine aldolase  71.26 
 
 
351 aa  481  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1588  L-threonine aldolase  71.26 
 
 
339 aa  480  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2620  L-threonine aldolase  70.96 
 
 
339 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2147  L-allo-threonine aldolase  61.08 
 
 
461 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1841  threonine aldolase, low-specificity  59.7 
 
 
334 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1834  L-allo-threonine aldolase  60.78 
 
 
337 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0852562  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3557  threonine aldolase  59.7 
 
 
334 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.443725  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1771  L-allo-threonine aldolase  60.78 
 
 
397 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.444188  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5386  threonine aldolase  62.62 
 
 
337 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5475  threonine aldolase  62.62 
 
 
337 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0834  L-allo-threonine aldolase  60.78 
 
 
337 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0108221  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1125  L-allo-threonine aldolase  60.78 
 
 
397 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.628839  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0430  low-specificity L-threonine aldolase  60.78 
 
 
337 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0337  low-specificity L-threonine aldolase  60.78 
 
 
337 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2098  L-allo-threonine aldolase  60.78 
 
 
458 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4794  threonine aldolase  60.18 
 
 
337 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331333  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0178  L-threonine aldolase  60.18 
 
 
337 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5364  threonine aldolase  59.58 
 
 
337 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05668  L-allo-threonine aldolase  55.99 
 
 
334 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4817  threonine aldolase  58.98 
 
 
337 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3310  threonine aldolase  58.98 
 
 
337 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124779  normal  0.12149 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000046  low-specificity L-threonine aldolase  56.29 
 
 
334 aa  381  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0706  L-allo-threonine aldolase  57.61 
 
 
343 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3169  threonine aldolase  58.84 
 
 
337 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000533874  unclonable  0.00000438048 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2292  threonine aldolase  59.19 
 
 
337 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.899538  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3026  threonine aldolase  57.91 
 
 
337 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3011  threonine aldolase  59.15 
 
 
337 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000665478  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4276  L-threonine aldolase  60.91 
 
 
334 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2904  L-threonine aldolase  60 
 
 
334 aa  376  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0643317  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1352  Threonine aldolase  58.84 
 
 
337 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000809376  unclonable  0.00000000000146629 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3338  L-allo-threonine aldolase  57.91 
 
 
337 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1207  L-threonine aldolase  57.31 
 
 
337 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000862399  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1278  L-threonine aldolase  57.61 
 
 
337 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000270333  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1208  L-threonine aldolase  57.61 
 
 
337 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000586474  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3793  threonine aldolase  57.19 
 
 
334 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0582  L-allo-threonine aldolase  55.56 
 
 
366 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.519824  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52610  hypothetical protein  63.64 
 
 
334 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4613  hypothetical protein  63.33 
 
 
334 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2673  threonine aldolase  56.02 
 
 
337 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371505  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1361  threonine aldolase  58.02 
 
 
342 aa  362  4e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000121527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1142  threonine aldolase  55.19 
 
 
338 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000636367  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2204  L-threonine aldolase  57.66 
 
 
335 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3162  L-allo-threonine aldolase  57.61 
 
 
348 aa  354  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0270  L-threonine aldolase  56.85 
 
 
339 aa  353  2e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2462  threonine aldolase  56.18 
 
 
336 aa  352  4e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000261845  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5968  Threonine aldolase  56.76 
 
 
335 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.904259  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1347  threonine aldolase  55.22 
 
 
336 aa  350  3e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000974839  decreased coverage  0.000000417727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1155  threonine aldolase  54.63 
 
 
335 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000619042  decreased coverage  0.00631546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1247  threonine aldolase  54.03 
 
 
336 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0103654  normal  0.613699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3604  threonine aldolase  57.02 
 
 
355 aa  346  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.51138  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2205  threonine aldolase  52.91 
 
 
337 aa  343  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2345  threonine aldolase  51.07 
 
 
337 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2801  threonine aldolase  55.08 
 
 
336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1686  threonine aldolase  52.96 
 
 
356 aa  336  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0162  L-threonine aldolase  55.29 
 
 
367 aa  334  1e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0639  L-threonine aldolase  52.34 
 
 
354 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3418  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  54.05 
 
 
339 aa  323  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3480  Threonine aldolase  53.61 
 
 
339 aa  323  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0576  Threonine aldolase  53.78 
 
 
352 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4454  L-threonine aldolase  49.59 
 
 
370 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1081  threonine aldolase  48.92 
 
 
343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1039  threonine aldolase  48.92 
 
 
343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1448  L-threonine aldolase  51.81 
 
 
339 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0097  threonine aldolase  51.81 
 
 
339 aa  298  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435466  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0699  threonine aldolase  48.79 
 
 
353 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3651  threonine aldolase  54.6 
 
 
349 aa  297  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1036  threonine aldolase  48.5 
 
 
344 aa  294  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0796  L-threonine aldolase  50 
 
 
340 aa  285  8e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.199246  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0105  threonine aldolase  46.81 
 
 
344 aa  285  8e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0310789  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1282  Threonine aldolase  47.55 
 
 
357 aa  280  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12103  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0544  L-threonine aldolase  45 
 
 
341 aa  275  6e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.697655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0734  threonine aldolase  47.31 
 
 
359 aa  275  8e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2851  L-threonine aldolase  47.87 
 
 
343 aa  273  3e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185965  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0206  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  42.86 
 
 
345 aa  269  5e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0162  threonine aldolase  40.18 
 
 
343 aa  267  2e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.687717  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0449  Threonine aldolase  44.34 
 
 
343 aa  266  4e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078963  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49372  predicted protein  42.69 
 
 
400 aa  265  7e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2144  threonine aldolase  47.63 
 
 
344 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.708281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4499  Threonine aldolase  45.03 
 
 
348 aa  260  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0218  L-threonine aldolase  48.87 
 
 
344 aa  258  1e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_161  threonine aldolase  49.25 
 
 
344 aa  258  1e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3740  threonine aldolase  49.55 
 
 
343 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.848875 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1535  Threonine aldolase  43.77 
 
 
342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.619548  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19940  threonine aldolase  41.59 
 
 
343 aa  253  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>