252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0162 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0162  L-threonine aldolase  100 
 
 
367 aa  733    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2851  L-threonine aldolase  62.54 
 
 
343 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185965  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2144  threonine aldolase  63.55 
 
 
344 aa  387  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.708281 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0969  L-threonine aldolase  55.59 
 
 
333 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1032  L-threonine aldolase  55.59 
 
 
333 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0934  L-threonine aldolase  55.59 
 
 
333 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1051  L-threonine aldolase  55.59 
 
 
333 aa  346  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1001  L-threonine aldolase  55.29 
 
 
333 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1386  L-threonine aldolase  54.69 
 
 
333 aa  338  7e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2705  L-threonine aldolase  54.73 
 
 
351 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2620  L-threonine aldolase  55.26 
 
 
339 aa  336  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1588  L-threonine aldolase  55.26 
 
 
339 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1841  threonine aldolase, low-specificity  55.15 
 
 
334 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2772  Threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.826971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0899  L-threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  331  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.859325 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2726  L-threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0943  L-threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.59  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0974  L-threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00875  L-allo-threonine aldolase, PLP-dependent  52.25 
 
 
333 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533076  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2461  L-threonine aldolase  52.55 
 
 
333 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.994155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00881  hypothetical protein  52.25 
 
 
333 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.554159  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1663  L-threonine aldolase  51.62 
 
 
338 aa  330  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.469796  normal  0.726429 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2147  L-allo-threonine aldolase  52.74 
 
 
461 aa  330  3e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3557  threonine aldolase  54.85 
 
 
334 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.443725  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1771  L-allo-threonine aldolase  53.59 
 
 
397 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.444188  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0430  low-specificity L-threonine aldolase  53.59 
 
 
337 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0337  low-specificity L-threonine aldolase  53.59 
 
 
337 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3480  Threonine aldolase  53.31 
 
 
339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277913 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2098  L-allo-threonine aldolase  53.29 
 
 
458 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1834  L-allo-threonine aldolase  53.29 
 
 
337 aa  326  5e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0852562  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1031  L-threonine aldolase  51.95 
 
 
333 aa  326  5e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0834  L-allo-threonine aldolase  53.29 
 
 
337 aa  326  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0108221  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1125  L-allo-threonine aldolase  53.29 
 
 
397 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.628839  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3418  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  52.71 
 
 
339 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3310  threonine aldolase  51.8 
 
 
337 aa  316  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124779  normal  0.12149 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5386  threonine aldolase  51.8 
 
 
337 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5475  threonine aldolase  51.8 
 
 
337 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2904  L-threonine aldolase  54.24 
 
 
334 aa  315  7e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0643317  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5364  threonine aldolase  52.1 
 
 
337 aa  315  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0178  L-threonine aldolase  51.5 
 
 
337 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3162  L-allo-threonine aldolase  54.46 
 
 
348 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4276  L-threonine aldolase  54.85 
 
 
334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4794  threonine aldolase  50.9 
 
 
337 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331333  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4817  threonine aldolase  51.5 
 
 
337 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0270  L-threonine aldolase  53.87 
 
 
339 aa  311  1e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0706  L-allo-threonine aldolase  49.55 
 
 
343 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0582  L-allo-threonine aldolase  48.96 
 
 
366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.519824  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2292  threonine aldolase  49.55 
 
 
337 aa  308  6.999999999999999e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.899538  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52610  hypothetical protein  56.36 
 
 
334 aa  308  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4613  hypothetical protein  56.36 
 
 
334 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05668  L-allo-threonine aldolase  49.4 
 
 
334 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2462  threonine aldolase  50.45 
 
 
336 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000261845  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1208  L-threonine aldolase  50.89 
 
 
337 aa  305  6e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000586474  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3793  threonine aldolase  50.9 
 
 
334 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1207  L-threonine aldolase  50.45 
 
 
337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000862399  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3338  L-allo-threonine aldolase  50.6 
 
 
337 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000046  low-specificity L-threonine aldolase  49.1 
 
 
334 aa  302  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2673  threonine aldolase  50.45 
 
 
337 aa  301  9e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371505  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1448  L-threonine aldolase  53.89 
 
 
339 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2204  L-threonine aldolase  52.38 
 
 
335 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1278  L-threonine aldolase  50.45 
 
 
337 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000270333  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1352  Threonine aldolase  50.15 
 
 
337 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000809376  unclonable  0.00000000000146629 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3604  threonine aldolase  51.44 
 
 
355 aa  300  3e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.51138  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3011  threonine aldolase  50.15 
 
 
337 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000665478  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2205  threonine aldolase  48.32 
 
 
337 aa  299  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3169  threonine aldolase  49.85 
 
 
337 aa  299  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000533874  unclonable  0.00000438048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3026  threonine aldolase  49.85 
 
 
337 aa  299  6e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0097  threonine aldolase  54.83 
 
 
339 aa  299  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435466  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0699  threonine aldolase  48.83 
 
 
353 aa  298  9e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5968  Threonine aldolase  51.5 
 
 
335 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.904259  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1686  threonine aldolase  47.28 
 
 
356 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1361  threonine aldolase  51.23 
 
 
342 aa  291  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000121527  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2345  threonine aldolase  46.48 
 
 
337 aa  290  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1142  threonine aldolase  49.69 
 
 
338 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000636367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1347  threonine aldolase  48.37 
 
 
336 aa  288  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000974839  decreased coverage  0.000000417727 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_161  threonine aldolase  46.92 
 
 
344 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1115  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  47.8 
 
 
344 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1155  threonine aldolase  49.85 
 
 
335 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000619042  decreased coverage  0.00631546 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4454  L-threonine aldolase  47.01 
 
 
370 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0218  L-threonine aldolase  47.15 
 
 
344 aa  280  2e-74  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0639  L-threonine aldolase  45.74 
 
 
354 aa  281  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1081  threonine aldolase  45.59 
 
 
343 aa  280  3e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1039  threonine aldolase  45.59 
 
 
343 aa  280  3e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1282  Threonine aldolase  49.7 
 
 
357 aa  278  8e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12103  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0734  threonine aldolase  51.65 
 
 
359 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0206  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  44.81 
 
 
345 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1247  threonine aldolase  47.02 
 
 
336 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0103654  normal  0.613699 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0544  L-threonine aldolase  45.43 
 
 
341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.697655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0576  Threonine aldolase  48.99 
 
 
352 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0796  L-threonine aldolase  50.31 
 
 
340 aa  269  5e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.199246  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2801  threonine aldolase  46.87 
 
 
336 aa  269  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1036  threonine aldolase  46.71 
 
 
344 aa  268  1e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0105  threonine aldolase  46.41 
 
 
344 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0310789  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6238  Threonine aldolase  43.15 
 
 
340 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1535  Threonine aldolase  47.24 
 
 
342 aa  261  1e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.619548  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0228  Threonine aldolase  43.07 
 
 
353 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3043  Threonine aldolase  47.75 
 
 
339 aa  257  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3186  Threonine aldolase  47.18 
 
 
338 aa  256  6e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.685174  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1451  threonine aldolase  48.24 
 
 
345 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0328469  normal  0.0951386 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2023  L-allo-threonine aldolase  45.38 
 
 
386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>