More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2929 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
1229 aa  2487    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.663255  normal  0.36299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
1219 aa  1359    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.12 
 
 
1232 aa  2236    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.30151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
285 aa  109  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.87 
 
 
246 aa  106  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.87 
 
 
251 aa  107  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
285 aa  105  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
285 aa  105  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
287 aa  105  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
248 aa  105  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
246 aa  105  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
253 aa  105  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.82 
 
 
286 aa  105  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
286 aa  104  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
258 aa  104  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
285 aa  104  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.99 
 
 
246 aa  104  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.52 
 
 
253 aa  103  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 
250 aa  102  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
295 aa  102  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
246 aa  101  7e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.83 
 
 
255 aa  101  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
246 aa  101  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
297 aa  101  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 
268 aa  101  8e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
287 aa  101  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
285 aa  101  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
288 aa  100  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
297 aa  100  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
284 aa  100  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
284 aa  100  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 
248 aa  101  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2771  short chain dehydrogenase  31.85 
 
 
253 aa  100  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
248 aa  100  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
258 aa  100  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.07 
 
 
249 aa  100  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 
251 aa  100  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
280 aa  100  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
284 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  100  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
285 aa  100  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  31.01 
 
 
306 aa  100  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
263 aa  100  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
246 aa  99.8  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
258 aa  100  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.33 
 
 
285 aa  99.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.76 
 
 
252 aa  99.8  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
284 aa  99.8  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
251 aa  99  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
253 aa  99  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
257 aa  99  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
293 aa  98.6  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35 
 
 
259 aa  98.6  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
295 aa  98.6  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
260 aa  98.6  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.23 
 
 
249 aa  98.2  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
246 aa  98.2  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  33 
 
 
255 aa  97.8  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
249 aa  97.8  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
295 aa  97.4  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
285 aa  97.8  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.11398  normal  0.546447 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
251 aa  97.8  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.93 
 
 
299 aa  97.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.87 
 
 
303 aa  97.8  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
251 aa  97.8  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
251 aa  97.8  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
245 aa  97.4  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.72 
 
 
249 aa  97.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.03 
 
 
249 aa  97.1  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  29.17 
 
 
288 aa  97.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
280 aa  97.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
250 aa  97.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
254 aa  97.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
244 aa  97.1  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.72 
 
 
249 aa  97.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
252 aa  97.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
258 aa  97.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
285 aa  96.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
259 aa  96.3  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
249 aa  96.3  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.56 
 
 
285 aa  96.3  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
280 aa  96.3  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3899  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
284 aa  96.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.190456 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
285 aa  96.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.67 
 
 
288 aa  96.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 
253 aa  96.3  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
256 aa  96.7  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.65 
 
 
249 aa  95.9  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.18 
 
 
300 aa  95.9  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 
253 aa  96.3  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
247 aa  95.9  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
247 aa  95.9  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.29 
 
 
296 aa  96.3  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 
277 aa  95.9  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
285 aa  96.3  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  normal  0.0427159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 
284 aa  95.5  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 
262 aa  95.5  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.53 
 
 
249 aa  95.5  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
285 aa  95.5  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
254 aa  95.5  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>