55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0238 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0238  putative permease transmembrane protein  100 
 
 		 236 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4851  hypothetical protein  58.1 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40878  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4098  hypothetical protein  55.5 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3824  hypothetical protein  48.06 
 
 		 235 aa  168  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4133  protein of unknown function DUF1275  47.57 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5806  hypothetical protein  44.78 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.740879 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4542  hypothetical protein  45.73 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.370889  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0190  hypothetical protein  46.43 
 
 		 196 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0735535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3178  hypothetical protein  49.74 
 
 		 238 aa  158  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6339  hypothetical protein  48.06 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1490  hypothetical protein  48.06 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0680  protein of unknown function DUF1275  48.08 
 
 		 259 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.118447  normal  0.265496 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5590  hypothetical protein  44.28 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1276  hypothetical protein  46.63 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1310  hypothetical protein  46.41 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.109342 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7005  hypothetical protein  51.28 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0917  hypothetical protein  46.37 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1377  hypothetical protein  45.86 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343918  normal  0.236805 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1399  hypothetical protein  46.37 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5725  hypothetical protein  50.74 
 
 		 247 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.308552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1543  hypothetical protein  37.91 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.107512  normal  0.494853 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1401  permease transmembrane protein  38.03 
 
 		 240 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0337517  normal  0.139208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5590  hypothetical protein  42.58 
 
 		 229 aa  128  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.424596 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3145  protein of unknown function DUF1275  48.48 
 
 		 225 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1919  hypothetical protein  36.36 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4752  hypothetical protein  40.1 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.703735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2300  hypothetical protein  35.58 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000548729  hitchhiker  0.00456123 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0679  hypothetical protein  40.2 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1977  hypothetical protein  39.9 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.35374  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0586  hypothetical protein  40.2 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.785468  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0318  protein of unknown function DUF1275  36.02 
 
 		 213 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5464  protein of unknown function DUF1275  41.38 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2051  hypothetical protein  31.36 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1206  protein of unknown function DUF1275  30.67 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1532  protein of unknown function DUF1275  29.47 
 
 		 283 aa  53.1  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0305  hypothetical protein  33.79 
 
 		 260 aa  52.4  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4662  hypothetical protein  31.53 
 
 		 386 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.627824 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3877  hypothetical protein  30.18 
 
 		 268 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0331  hypothetical protein  31.88 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0181  hypothetical protein  32.73 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.534704  normal  0.624731 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0910  hypothetical protein  31.22 
 
 		 270 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6064  hypothetical protein  32.58 
 
 		 259 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.667221  hitchhiker  0.000289526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1151  protein of unknown function DUF1275  30.08 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4228  hypothetical protein  31.85 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.468664  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5631  protein of unknown function DUF1275  33.78 
 
 		 225 aa  47  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4780  protein of unknown function DUF1275  31.02 
 
 		 247 aa  45.8  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.928873 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0185  protein of unknown function DUF1275  31.58 
 
 		 265 aa  45.8  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0567993  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3703  protein of unknown function DUF1275  31.02 
 
 		 247 aa  45.8  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.257244  normal  0.181196 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3258  hypothetical protein  27.36 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.213289  normal  0.46952 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0167  hypothetical protein  31.58 
 
 		 265 aa  45.4  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.830278 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0124  hypothetical protein  30.66 
 
 		 254 aa  45.1  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0765266  normal  0.267194 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1053  protein of unknown function DUF1275  30.12 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4821  hypothetical protein  27.05 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0326  protein of unknown function DUF1275  35.09 
 
 		 234 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1257  hypothetical protein  25.42 
 
 		 273 aa  42.4  0.007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>