236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3088 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3088  cytochrome B561  100 
 
 		 180 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.76146  normal  0.0516175 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2121  cytochrome B561  61.58 
 
 		 181 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0436144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  32.07 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1610  cytochrome B561  32.26 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  28.02 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  27.47 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  28.02 
 
 		 183 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  27.47 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1850  hypothetical protein  55 
 
 		 164 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0857051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4170  cytochrome B561  31.95 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  33.15 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  26.55 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  32.22 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2876  cytochrome B561  30.56 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.379711  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  25.99 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  33.52 
 
 		 188 aa  64.3  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  33.16 
 
 		 190 aa  64.3  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  26.74 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  31.43 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  29.67 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  32.18 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  25.53 
 
 		 183 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0014  cytochrome B561  33.52 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  25 
 
 		 183 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  33.53 
 
 		 178 aa  62  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  30.77 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0006  cytochrome B561  33.52 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000161036  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  25 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  31.35 
 
 		 184 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  27.57 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  27.57 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  27.57 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  30.11 
 
 		 176 aa  60.5  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  30.73 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  26.37 
 
 		 183 aa  60.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  26.32 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  32.97 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  28.57 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  28.24 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  35.58 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.083674  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  35.58 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  30.11 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0296  cytochrome B561  35.58 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000303628  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  25.86 
 
 		 177 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.03 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.03 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  27.03 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  32.95 
 
 		 180 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2450  cytochrome B561  33.33 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.220422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.03 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.03 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0073  cytochrome b561, putative  34.46 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.475436  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  26.7 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0030  cytochrome B561  33.14 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  30.56 
 
 		 183 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  28.14 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  30.11 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  26.7 
 
 		 187 aa  57  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  30.6 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0062  cytochrome B561  33.14 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000272347  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  30.85 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0009  cytochrome B561  33.14 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000853372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  29.79 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  30.39 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  29.67 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1711  YceI  29.55 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.811721  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.49 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  25.97 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  31.52 
 
 		 400 aa  55.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  27.12 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  30.23 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02863  cytochrome B561  33.92 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  28.4 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0241  cytochrome B561  26.67 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.263387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5215  cytochrome B561  29.59 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.721049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0833  cytochrome B561  27.42 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.00227976 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  29.53 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3195  cytochrome B561  32.54 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000038673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0005  cytochrome B561  32.54 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183044 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3000  cytochrome B561  30.81 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426718  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  30.39 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  28.89 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  30.94 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  28.73 
 
 		 189 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  29.94 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05925  cytochrome b561  26.52 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0490  cytochrome B561  28.16 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370053  hitchhiker  0.00220712 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4401  cytochrome B561  34.76 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.425577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  29.05 
 
 		 189 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  28.34 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  27.42 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1661  cytochrome B561  28.57 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.142328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2736  cytochrome B561  32.04 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  29.28 
 
 		 189 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000195  cytochrome b561  26.7 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000187144  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  28.49 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  28.18 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4984  cytochrome B561  28.09 
 
 		 179 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0448124 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4656  cytochrome B561  29.82 
 
 		 184 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  28.25 
 
 		 191 aa  52  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>