More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1554 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1554  cytochrome B561  100 
 
 		 183 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2549  cytochrome B561  76.4 
 
 		 182 aa  273  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481387  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  45.65 
 
 		 184 aa  149  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  47.95 
 
 		 178 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  50.6 
 
 		 174 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  43.18 
 
 		 189 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  42.05 
 
 		 189 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  44.94 
 
 		 197 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  39.2 
 
 		 192 aa  126  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  39.2 
 
 		 184 aa  125  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  42.78 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  43.41 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  38.98 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  38.98 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  39.2 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  39.2 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  38.98 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  39.2 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  42.05 
 
 		 183 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  39.2 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  39.2 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  42.05 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  41.48 
 
 		 183 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  40.91 
 
 		 196 aa  121  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  38.42 
 
 		 213 aa  121  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1612  hypothetical protein  43.1 
 
 		 176 aa  120  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  40.12 
 
 		 186 aa  120  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  42.05 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  39.64 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1617  hypothetical protein  43.1 
 
 		 176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  36.93 
 
 		 190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  40.12 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  37.79 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  40.56 
 
 		 184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  38.6 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  35.59 
 
 		 184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  37.65 
 
 		 186 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  43.35 
 
 		 186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  38.07 
 
 		 186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  41.34 
 
 		 197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  42.05 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  38.24 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  38.24 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  38.24 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  37.28 
 
 		 195 aa  111  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  37.57 
 
 		 188 aa  111  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  35.16 
 
 		 193 aa  111  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  36.93 
 
 		 189 aa  111  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  39.33 
 
 		 189 aa  111  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  37.5 
 
 		 192 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  37.5 
 
 		 190 aa  110  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  38.07 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  39.2 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  39.2 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  38.07 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  38.07 
 
 		 192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1029  cytochrome b561  43.93 
 
 		 181 aa  107  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145738  normal  0.0105144 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  37.65 
 
 		 186 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  35.96 
 
 		 182 aa  107  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2179  cytochrome B561  40 
 
 		 203 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  35.96 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  37.65 
 
 		 186 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  34.07 
 
 		 193 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  36.31 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  36.31 
 
 		 184 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  37.43 
 
 		 196 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  40.44 
 
 		 188 aa  105  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  34.66 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0973  cytochrome b561 family protein  31.84 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.304775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  34.66 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0781  cytochrome B561  35.43 
 
 		 183 aa  102  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.231084  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2223  cytochrome b561 family protein  34.09 
 
 		 184 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0039455  hitchhiker  0.00454282 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2532  cytochrome B561  39.64 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  37.85 
 
 		 177 aa  102  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  37.43 
 
 		 203 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  38.98 
 
 		 181 aa  101  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1934  cytochrome B561  37.3 
 
 		 190 aa  100  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.48407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  34.97 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  39.44 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  34.39 
 
 		 199 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3580  cytochrome B561  43.79 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0471  cytochrome B561  41.24 
 
 		 209 aa  99.8  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  35.06 
 
 		 189 aa  99  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  35.8 
 
 		 182 aa  98.2  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  36.63 
 
 		 180 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  35.06 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1906  cytochrome b561 family protein  36.36 
 
 		 183 aa  96.3  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  38.95 
 
 		 188 aa  96.3  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4169  cytochrome B561  37.5 
 
 		 185 aa  95.1  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0139606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  35.43 
 
 		 183 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  33.91 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3478  cytochrome B561  35.88 
 
 		 180 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579466  hitchhiker  0.000371098 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0073  cytochrome b561, putative  38.33 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.475436  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0583  cytochrome B561  34.62 
 
 		 191 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  32.97 
 
 		 181 aa  93.2  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  33.91 
 
 		 183 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  34.48 
 
 		 183 aa  93.2  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  34.08 
 
 		 186 aa  92.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0086  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  38.33 
 
 		 175 aa  92  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.083674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  35.88 
 
 		 188 aa  92  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>