86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0332 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0332  LrgA  100 
 
 		 127 aa  236  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0493  LrgA  82.58 
 
 		 132 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0545  LrgA family protein  71.65 
 
 		 127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0624  LrgA  69.35 
 
 		 128 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.938941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  53.54 
 
 		 128 aa  114  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3938  LrgA family protein  53.54 
 
 		 128 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1099  hypothetical protein  63.36 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.158876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3929  LrgA family protein  52.76 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.319977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3004  LrgA family protein  46.46 
 
 		 130 aa  90.5  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.149466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  48.74 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3389  LrgA family protein  45.3 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209606  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  37.5 
 
 		 124 aa  73.6  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  44.55 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  42.31 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  41.82 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  44.55 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  40.91 
 
 		 116 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  39.09 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0665  LrgA family protein  44.34 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  44.94 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  41.67 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  42 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  36.67 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  33.06 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  41.8 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  37.27 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3994  LrgA family protein  36.36 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.626323  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  39.22 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  35.25 
 
 		 125 aa  53.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  37.61 
 
 		 138 aa  52.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  35.25 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  40.71 
 
 		 126 aa  50.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  34.55 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  34.55 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  33.64 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1953  LrgA family protein  38.61 
 
 		 151 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.849532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  27.35 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0155  putative LrgA family protein  41.54 
 
 		 118 aa  47.8  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  30.19 
 
 		 248 aa  47.8  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  33.72 
 
 		 117 aa  47.4  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  31.53 
 
 		 135 aa  47  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  29.06 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  30.63 
 
 		 135 aa  47  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  30.09 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  37.11 
 
 		 125 aa  44.7  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  38.37 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  38.37 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  38.37 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  31.91 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  37.5 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  30.28 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  37.5 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  42.31 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1325  LrgA family protein  41.12 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1230  LrgA family protein  26.96 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  29.73 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  30.3 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  29 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0090  LrgA family protein  35.29 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  34.83 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0605  LrgA  40.37 
 
 		 118 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  26.04 
 
 		 116 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  40 
 
 		 123 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0044  LrgA family protein  36.26 
 
 		 158 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0775  LrgA  46.38 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0035  LrgA family protein  35.64 
 
 		 158 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204482  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  31.09 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0100  LrgA family protein  35.29 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  30.43 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  37.37 
 
 		 123 aa  41.2  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  30.43 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0083  LrgA  36 
 
 		 136 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.177337  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  26.32 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  26.32 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  26.32 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2921  LrgA family protein  30.69 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3227  LrgA  34.52 
 
 		 158 aa  40  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>