143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0605 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0605  LrgA  100 
 
 		 118 aa  225  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  77.19 
 
 		 123 aa  164  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  71.68 
 
 		 127 aa  133  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1325  LrgA family protein  62.24 
 
 		 121 aa  89  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  46.49 
 
 		 125 aa  88.2  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  44.07 
 
 		 128 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  44.74 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  44.44 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  43.24 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  41.82 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  42.98 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  47.62 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  44.55 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2235  lrgA family protein  36.52 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1947  lrgA family protein  36.52 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  44.25 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3938  LrgA family protein  40.98 
 
 		 128 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  40.98 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  38.4 
 
 		 122 aa  68.2  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  38.46 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  41.28 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  40 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  37.76 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  39.81 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3929  LrgA family protein  41.07 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.319977 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  36.45 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3200  hypothetical protein  34.21 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370954  normal  0.0153861 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  36.73 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  36.73 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1147  hypothetical protein  31.19 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000363842  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  36.73 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  36.84 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3389  LrgA family protein  39.5 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209606  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  37.84 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  30.1 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  34.45 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  43.24 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  44.74 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  30.3 
 
 		 116 aa  60.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  29.82 
 
 		 115 aa  60.1  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3004  LrgA family protein  43.24 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.149466 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  43.48 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5233  murein hydrolase regulator LrgA  34.26 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1066  LrgA family protein  31.53 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0665  LrgA family protein  47.44 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  40 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5572  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5294  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5121  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5136  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5690  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5385  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.655957 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2908  LrgA family protein  33 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5564  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5620  murein hydrolase regulator LrgA  34.91 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5535  murein hydrolase regulator LrgA  33.96 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0332  LrgA  41.28 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  42.98 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1317  LrgA family protein  32.32 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09912e-21 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  33.33 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0155  putative LrgA family protein  44.44 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  42.34 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5344  LrgA family protein  43.86 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  30.77 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  29.46 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  39.45 
 
 		 117 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  44.33 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1953  LrgA family protein  35.85 
 
 		 151 aa  53.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.849532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  44.12 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  45.1 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  45.1 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3957  murein hydrolase regulator LrgA  32.08 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0211  LrgA family protein  39.33 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0545  LrgA family protein  40 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  39.32 
 
 		 138 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  44.12 
 
 		 123 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  34.44 
 
 		 135 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0493  LrgA  38.6 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3994  LrgA family protein  33.63 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.626323  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  40 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  34.44 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  36.36 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  40.78 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4610  LrgA family protein  36.89 
 
 		 128 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0874041  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0184  hypothetical protein  34.83 
 
 		 151 aa  47.8  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1483  putative effector of murein hydrolase LrgA  41.56 
 
 		 124 aa  47.4  0.00006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000434709  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0073  LrgA family protein  31.82 
 
 		 114 aa  47  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4626  LrgA family protein  34.95 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  29.35 
 
 		 248 aa  45.8  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  33.67 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  26.13 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7209  hypothetical protein  31.86 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.621509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  33.67 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4486  LrgA family protein  32.98 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>