90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0493 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0493  LrgA  100 
 
 		 132 aa  243  8e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0332  LrgA  82.58 
 
 		 127 aa  180  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0624  LrgA  70.68 
 
 		 128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.938941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0545  LrgA family protein  69.7 
 
 		 127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1099  hypothetical protein  72.66 
 
 		 132 aa  126  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.158876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3938  LrgA family protein  54.55 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  54.55 
 
 		 128 aa  114  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3929  LrgA family protein  54.55 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.319977 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3004  LrgA family protein  49.61 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.149466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  51.61 
 
 		 123 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  39.2 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3389  LrgA family protein  44.54 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209606  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  45.22 
 
 		 113 aa  75.1  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  42.61 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  45.22 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  40.87 
 
 		 116 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0665  LrgA family protein  46.36 
 
 		 123 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  40 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  39.45 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  42.55 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  36.52 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  41.9 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  34.92 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  37.93 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  36.8 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3994  LrgA family protein  38.1 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.626323  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  35.61 
 
 		 125 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  34.62 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  40.68 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  34.62 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  36.07 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  35.65 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  33.91 
 
 		 119 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0155  putative LrgA family protein  44.93 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  34.07 
 
 		 117 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  36.51 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  37.8 
 
 		 125 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  45.87 
 
 		 127 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  30.63 
 
 		 248 aa  48.5  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  30.71 
 
 		 121 aa  47.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1953  LrgA family protein  37.5 
 
 		 151 aa  47.4  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.849532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  29.27 
 
 		 121 aa  47  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  30.89 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  28.46 
 
 		 135 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  34 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  30.36 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  30.71 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  29.82 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  30.71 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  27.62 
 
 		 118 aa  45.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1147  hypothetical protein  27.87 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000363842  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  35.16 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  31.68 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  30.3 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  35.16 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1325  LrgA family protein  39.29 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  35.16 
 
 		 123 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  34.41 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2921  LrgA family protein  32.08 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  34.41 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  36.54 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1230  LrgA family protein  27.45 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  29.66 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  28.57 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0211  LrgA family protein  31.63 
 
 		 129 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  31.58 
 
 		 118 aa  41.2  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  32.38 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02029  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1517  LrgA family protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2288  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1507  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  35.63 
 
 		 123 aa  40.8  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2275  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1323  LrgA family protein  28.32 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0775  LrgA  43.59 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186274  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02070  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3273  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502581 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2436  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2744  hypothetical protein  31.82 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28750  putative effector of murein hydrolase LrgA  48.78 
 
 		 161 aa  40.4  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  29.84 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0706  LrgA family protein  30.49 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156699  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5233  murein hydrolase regulator LrgA  30.1 
 
 		 143 aa  40  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  31.11 
 
 		 135 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>