111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2557 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  100 
 
 		 117 aa  227  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  65.81 
 
 		 117 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  45.3 
 
 		 119 aa  104  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2976  LrgA family protein  66.2 
 
 		 124 aa  102  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.952939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2404  LrgA family protein  66.2 
 
 		 124 aa  102  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  48.25 
 
 		 121 aa  101  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2210  LrgA family protein  53.85 
 
 		 125 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.522821  normal  0.122076 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  46.22 
 
 		 126 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  48.18 
 
 		 113 aa  93.2  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  41.88 
 
 		 121 aa  91.3  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  44.92 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  44.07 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  45.22 
 
 		 129 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  45.28 
 
 		 122 aa  86.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  39.32 
 
 		 127 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  40.87 
 
 		 128 aa  83.6  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  43.97 
 
 		 116 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  45.13 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  40.18 
 
 		 122 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  37.27 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  43.59 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  42.73 
 
 		 123 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  39.09 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  35.04 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  41.38 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  42.57 
 
 		 119 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  40.32 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  41.18 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  41.82 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  31.62 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  40.52 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  31.07 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  42.72 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  42.72 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  29.51 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  38.36 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  31.19 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  31.19 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  31.19 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  41.75 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  46.84 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  35.04 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  35.04 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0421  LrgA family protein  37.29 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.712638  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  33.64 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  30.77 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  33.64 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  41.05 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  35 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1681  inner membrane protein, LrgA family  31.71 
 
 		 110 aa  52.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3004  LrgA family protein  35.94 
 
 		 130 aa  52.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.149466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3938  LrgA family protein  30.77 
 
 		 128 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  37.19 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1147  hypothetical protein  33 
 
 		 130 aa  51.2  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000363842  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0447  LrgA  34.65 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3994  LrgA family protein  33.9 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.626323  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3389  LrgA family protein  34.45 
 
 		 134 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209606  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3200  hypothetical protein  28.7 
 
 		 153 aa  50.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370954  normal  0.0153861 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1950  LrgA family protein  31.19 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000107186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0665  LrgA family protein  36.7 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810198  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2436  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3273  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502581 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02070  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1517  LrgA family protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2275  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1507  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2288  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02029  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  47  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  41.41 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1095  hypothetical protein  39.64 
 
 		 120 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00291495  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0830  hypothetical protein  31.13 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  33.7 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0820  LrgA family protein  39.6 
 
 		 148 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743787  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2744  hypothetical protein  29.25 
 
 		 132 aa  45.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5344  LrgA family protein  36.52 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1160  LrgA family protein  28.7 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2371  hypothetical protein  32.56 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2416  hypothetical protein  32.56 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2420  hypothetical protein  32.56 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2327  hypothetical protein  32.56 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2528  hypothetical protein  32.56 
 
 		 132 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3795  LrgA family protein  33.66 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1953  LrgA family protein  36.67 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.849532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  28.44 
 
 		 136 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7209  hypothetical protein  34.34 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.621509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4336  LrgA family protein  32 
 
 		 162 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.455064 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0073  LrgA family protein  33.77 
 
 		 114 aa  43.9  0.0007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4610  LrgA family protein  34.31 
 
 		 128 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0874041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11920  hypothetical protein  40.45 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00345177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  24.75 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4486  LrgA family protein  35.65 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0155  putative LrgA family protein  33.33 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003697  antiholin-like protein LrgA  26.37 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  32.43 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3734  LrgA family protein  44.55 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  32.43 
 
 		 121 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  32.43 
 
 		 121 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02118  hypothetical protein  27.08 
 
 		 124 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  31.08 
 
 		 121 aa  41.6  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  28.44 
 
 		 138 aa  42  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>