132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3004 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3004  LrgA family protein  100 
 
 
130 aa  251  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.149466 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0332  LrgA  46.46 
 
 
127 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  49.09 
 
 
124 aa  92.4  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  42.28 
 
 
128 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3938  LrgA family protein  42.28 
 
 
128 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0493  LrgA  48.82 
 
 
132 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0624  LrgA  51.97 
 
 
128 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.938941  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3389  LrgA family protein  48.76 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.209606  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  53.15 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  41.09 
 
 
119 aa  82  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  44.54 
 
 
127 aa  80.5  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1854  LrgA family protein  41.59 
 
 
123 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.310348  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1099  hypothetical protein  53.03 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.158876 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  47.27 
 
 
124 aa  80.1  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3994  LrgA family protein  46.22 
 
 
119 aa  79.7  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.626323  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  41.09 
 
 
122 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2426  LrgA  44.26 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  44.55 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  42.02 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3929  LrgA family protein  45.3 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.319977 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  42.19 
 
 
121 aa  77  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0545  LrgA family protein  50.39 
 
 
127 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  42.42 
 
 
126 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  39.82 
 
 
130 aa  72  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  41.44 
 
 
123 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  36.92 
 
 
121 aa  72  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  35.66 
 
 
122 aa  71.6  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  42.86 
 
 
125 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  35.29 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1147  hypothetical protein  31.2 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000363842  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3200  hypothetical protein  33.33 
 
 
153 aa  65.5  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370954  normal  0.0153861 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  36.89 
 
 
125 aa  65.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  36.97 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  35.94 
 
 
117 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  44.14 
 
 
127 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  40.34 
 
 
129 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  40.34 
 
 
125 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0665  LrgA family protein  43.12 
 
 
123 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  40.91 
 
 
125 aa  62  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  29.63 
 
 
115 aa  60.1  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  39.39 
 
 
123 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  41.67 
 
 
123 aa  58.2  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  34.65 
 
 
117 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  31.48 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1066  LrgA family protein  33.02 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0155  putative LrgA family protein  46.15 
 
 
118 aa  55.5  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  27.97 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1325  LrgA family protein  38.79 
 
 
121 aa  55.1  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  36.94 
 
 
119 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  27.97 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  27.97 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  29.63 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  28.81 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  37.98 
 
 
123 aa  51.6  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  30.21 
 
 
116 aa  51.6  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  34.95 
 
 
124 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0605  LrgA  41.59 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  30.23 
 
 
135 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2739  LrgA family protein  50 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1160  LrgA family protein  37.5 
 
 
116 aa  49.7  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  31.37 
 
 
248 aa  50.1  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  33.33 
 
 
135 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  32.41 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0820  LrgA family protein  36.21 
 
 
148 aa  48.9  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743787  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  33.03 
 
 
135 aa  48.9  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  37.98 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0325  hypothetical protein  35.19 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.227394  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7209  hypothetical protein  32.76 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.621509  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0341  hypothetical protein  35.19 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1953  LrgA family protein  41.18 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.849532  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  31.48 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  31.48 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  31.48 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02070  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1517  LrgA family protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2275  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02029  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1507  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2288  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2436  hypothetical protein  29.69 
 
 
132 aa  47  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0830  hypothetical protein  30.47 
 
 
132 aa  47  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3273  hypothetical protein  29.69 
 
 
132 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.502581 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1230  LrgA family protein  26.74 
 
 
126 aa  47  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1237  LrgA family protein  33.33 
 
 
138 aa  46.2  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.783024  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  38.94 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  38.94 
 
 
123 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0247  murein hydrolase regulator LrgA  34.51 
 
 
145 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0253  murein hydrolase regulator LrgA  34.51 
 
 
145 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2744  hypothetical protein  28.12 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  38.94 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0044  LrgA family protein  38.64 
 
 
158 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8296  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  30.84 
 
 
118 aa  46.2  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  38.05 
 
 
123 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  29.91 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>