110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2908 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2908  LrgA family protein  100 
 
 		 121 aa  230  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1317  LrgA family protein  91.74 
 
 		 121 aa  214  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09912e-21 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1576  LrgA family protein  50.53 
 
 		 124 aa  90.5  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000178738  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0211  LrgA family protein  40 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1414  LrgA family protein  36 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.375061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1237  LrgA family protein  36.11 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.783024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  30.51 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  30.33 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  32.46 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3355  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.455604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3703  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3458  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.771163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3424  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0738558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3375  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.272811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3200  hypothetical protein  38.68 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370954  normal  0.0153861 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3730  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.753868  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3710  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.343441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3686  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.709581 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3777  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1537  holin-like protein  33.33 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0242133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4610  LrgA family protein  38.14 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0874041  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02070  hypothetical protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1517  LrgA family protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4626  LrgA family protein  36.46 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1947  lrgA family protein  36.04 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2275  hypothetical protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1507  hypothetical protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2288  hypothetical protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02029  hypothetical protein  33.87 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4486  LrgA family protein  34.82 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2436  hypothetical protein  33.06 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3273  hypothetical protein  33.06 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502581 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2235  lrgA family protein  36.04 
 
 		 125 aa  66.6  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0830  hypothetical protein  33.06 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1009  LrgA family protein  37.23 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2744  hypothetical protein  31.4 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2371  hypothetical protein  32.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2416  hypothetical protein  32.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2420  hypothetical protein  32.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2327  hypothetical protein  32.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2528  hypothetical protein  32.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0820  LrgA family protein  41.25 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743787  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  27.12 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  30.33 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0899  LrgA  36.46 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3599  holin-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.348579  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3885  holin-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3766  holin-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000368627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  37.76 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  38.89 
 
 		 116 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  37.11 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1358  LrgA family protein  28.07 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290916  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3525  holin-like protein  36.36 
 
 		 118 aa  57  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4336  LrgA family protein  29.81 
 
 		 162 aa  57  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.616789  normal  0.455064 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00870  putative effector of murein hydrolase LrgA  34.25 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1323  LrgA family protein  32.46 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0090  LrgA family protein  37.21 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0100  LrgA family protein  36.78 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  25.83 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  34.34 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1443  holin-like protein  31.43 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.58028  hitchhiker  0.00000036945 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2921  LrgA family protein  32.97 
 
 		 163 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1681  inner membrane protein, LrgA family  40.54 
 
 		 110 aa  53.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  42.2 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2764  LrgA family protein  33.33 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2117  LrgA family protein  32.26 
 
 		 130 aa  50.4  0.000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00374978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  28.87 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  28.87 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  28.87 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19680  hypothetical protein  38 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1694  hypothetical protein  38 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0083  LrgA  35.71 
 
 		 136 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.177337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  28.83 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003697  antiholin-like protein LrgA  38.18 
 
 		 124 aa  45.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0247  murein hydrolase regulator LrgA  23.21 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0253  murein hydrolase regulator LrgA  23.21 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02118  hypothetical protein  34.85 
 
 		 124 aa  45.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  35.21 
 
 		 129 aa  44.3  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  33.7 
 
 		 113 aa  44.3  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  35.37 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  31.53 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  25.51 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  28.83 
 
 		 130 aa  43.9  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  29.25 
 
 		 122 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  32.35 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  32.97 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2026  murein hydrolase regulator LrgA  23.68 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5236  holin-like protein  24.32 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4428  LrgA family protein  30.4 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1950  LrgA family protein  26.13 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000107186  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4960  holin-like protein  24.32 
 
 		 122 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4812  holin-like protein  24.32 
 
 		 122 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4822  holin-like protein  24.32 
 
 		 122 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5741  LrgA family protein  24.32 
 
 		 125 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.178867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2564  LrgA family protein  40.98 
 
 		 131 aa  42  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2617  LrgA family protein  40.98 
 
 		 131 aa  42  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0073  LrgA family protein  37.1 
 
 		 114 aa  42  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5282  holin-like protein  24.32 
 
 		 124 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000144803  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5247  holin-like protein  24.32 
 
 		 122 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.697113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5705  holin-like protein  24.32 
 
 		 124 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0190593  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>