81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1110 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1110  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 175 aa  361  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2684  lytic transglycosylase catalytic  61.01 
 
 		 177 aa  224  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3220  lytic transglycosylase catalytic  61.01 
 
 		 184 aa  224  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0613  Lytic transglycosylase catalytic  61.01 
 
 		 197 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.92837  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1141  hypothetical protein  60.37 
 
 		 190 aa  216  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0634  lytic transglycosylase catalytic  59.75 
 
 		 179 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.308805  normal  0.480639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0645  Lytic transglycosylase catalytic  59.75 
 
 		 222 aa  214  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.176498 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4195  lytic transglycosylase catalytic  60.76 
 
 		 180 aa  213  9e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1124  transglycosylase  57.74 
 
 		 190 aa  211  5.999999999999999e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0761  hypothetical protein  56.71 
 
 		 182 aa  211  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112238  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1676  lytic transglycosylase catalytic  58.02 
 
 		 181 aa  210  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660127  normal  0.0250145 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0040  Lytic transglycosylase catalytic  58.23 
 
 		 187 aa  210  9e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0274  lytic transglycosylase catalytic  56.44 
 
 		 174 aa  207  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.624808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0281  lytic transglycosylase, catalytic  55.21 
 
 		 182 aa  207  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0336  Lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 		 185 aa  204  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0368  Lytic transglycosylase catalytic  54.94 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1708  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 		 265 aa  97.4  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0133415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0072  invasion protein  39.84 
 
 		 265 aa  97.8  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  39.02 
 
 		 260 aa  94.4  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2614  lytic transglycosylase, catalytic  40.77 
 
 		 229 aa  92  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.214877 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0593  hypothetical protein  35.71 
 
 		 267 aa  87  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1996  lytic transglycosylase catalytic  38.26 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000014768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3707  hypothetical protein  32.56 
 
 		 251 aa  80.9  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0917691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2978  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.993204 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1319  invasion protein  37.5 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2898  lytic transglycosylase, catalytic  32.56 
 
 		 369 aa  76.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00000087511  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1177  Lytic transglycosylase catalytic  38.02 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1410  lytic transglycosylase, catalytic  38.02 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.942622 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3431  Lytic transglycosylase catalytic  31.3 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1276  lytic transglycosylase, catalytic  38.02 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.11854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1197  hypothetical protein  37.19 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2548  hypothetical protein  31.65 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2334  lytic transglycosylase, catalytic  37.19 
 
 		 196 aa  67.4  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370979  unclonable  0.00000020611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4167  lytic transglycosylase catalytic  37.19 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.381965  normal  0.719348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3412  lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 196 aa  67  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17107  normal  0.120299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1456  hypothetical protein  35.25 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.400951 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2932  lytic transglycosylase, catalytic  35.07 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1529  hypothetical protein  37.61 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5194  type IV secretory pathway, putative lytic transglycosylase; putative exported protein  37.61 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0450  putative signal peptide  33.58 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3303  lytic transglycosylase catalytic  34.56 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0529  lytic transglycosylase, catalytic  35.54 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0630  lytic transglycosylase, catalytic  31.15 
 
 		 187 aa  61.6  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0671  Lytic transglycosylase catalytic  33.88 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2210  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.31341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2378  hypothetical protein  32.23 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.268225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2843  Lytic transglycosylase catalytic  31.33 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0323  lytic transglycosylase catalytic  33.54 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4099  lytic transglycosylase catalytic  32.92 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0965  Lytic transglycosylase catalytic  31.4 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1640  Lytic transglycosylase catalytic  32.23 
 
 		 196 aa  57  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4182  lytic transglycosylase catalytic  32.3 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59660  hypothetical protein  34.25 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000384805  hitchhiker  1.2342600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3010  lytic transglycosylase, catalytic  30.15 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4498  soluble lytic murein transglycosylase  35.04 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.92102  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  31.37 
 
 		 265 aa  50.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  31.86 
 
 		 269 aa  50.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0642  Lytic transglycosylase catalytic  29.01 
 
 		 216 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5548  lytic transglycosylase catalytic  28.68 
 
 		 268 aa  47.8  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871042 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0192  transglycosylase SLT domain-containing protein  29.57 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000268096 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  46.43 
 
 		 242 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  30.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  29.37 
 
 		 280 aa  45.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  29.85 
 
 		 180 aa  44.7  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1364  lytic transglycosylase, catalytic  30 
 
 		 140 aa  44.3  0.0009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0515588  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  28.57 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 204 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  37.84 
 
 		 522 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3720  transglycosylase SLT domain-containing protein  29.91 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  29.37 
 
 		 206 aa  43.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  29.17 
 
 		 498 aa  42.7  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  40.82 
 
 		 556 aa  42.7  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0168  protein IpgF  29.77 
 
 		 152 aa  42  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00546577  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  45.65 
 
 		 196 aa  41.6  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  29.06 
 
 		 204 aa  41.6  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  44.68 
 
 		 573 aa  41.2  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  44.68 
 
 		 572 aa  41.2  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  37.29 
 
 		 189 aa  41.2  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  44.68 
 
 		 573 aa  41.2  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0104  pilx1 protein  28.16 
 
 		 215 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.718662 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>