63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2334 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2334  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 196 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370979  unclonable  0.00000020611 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1276  lytic transglycosylase, catalytic  94.39 
 
 		 196 aa  352  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.11854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1410  lytic transglycosylase, catalytic  94.39 
 
 		 196 aa  352  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.942622 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1177  Lytic transglycosylase catalytic  88.27 
 
 		 196 aa  351  4e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1197  hypothetical protein  87.24 
 
 		 196 aa  345  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4167  lytic transglycosylase catalytic  83.67 
 
 		 201 aa  332  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.381965  normal  0.719348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3412  lytic transglycosylase catalytic  84.69 
 
 		 196 aa  332  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17107  normal  0.120299 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2210  lytic transglycosylase, catalytic  75.9 
 
 		 206 aa  261  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.31341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2378  hypothetical protein  75.45 
 
 		 206 aa  260  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.268225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0965  Lytic transglycosylase catalytic  73.65 
 
 		 206 aa  258  4e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1640  Lytic transglycosylase catalytic  65.99 
 
 		 196 aa  257  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0671  Lytic transglycosylase catalytic  69.11 
 
 		 194 aa  256  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0450  putative signal peptide  64.97 
 
 		 196 aa  252  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2843  Lytic transglycosylase catalytic  70.83 
 
 		 194 aa  245  3e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0529  lytic transglycosylase, catalytic  67.4 
 
 		 202 aa  244  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3010  lytic transglycosylase, catalytic  62.35 
 
 		 171 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1456  hypothetical protein  56.36 
 
 		 185 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.400951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3303  lytic transglycosylase catalytic  57.74 
 
 		 184 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2932  lytic transglycosylase, catalytic  60.39 
 
 		 184 aa  190  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59660  hypothetical protein  49.18 
 
 		 193 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000384805  hitchhiker  1.2342600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4498  soluble lytic murein transglycosylase  50.93 
 
 		 193 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.92102  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4099  lytic transglycosylase catalytic  42.55 
 
 		 230 aa  139  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0323  lytic transglycosylase catalytic  42.55 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4182  lytic transglycosylase catalytic  41.09 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0642  Lytic transglycosylase catalytic  45.64 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3720  transglycosylase SLT domain-containing protein  41.28 
 
 		 212 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0630  lytic transglycosylase, catalytic  37.18 
 
 		 187 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3939  lytic transglycosylase, catalytic  35.03 
 
 		 178 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0336  Lytic transglycosylase catalytic  36.73 
 
 		 185 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0192  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.87 
 
 		 177 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000268096 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2614  lytic transglycosylase, catalytic  38.41 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.214877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0281  lytic transglycosylase, catalytic  38.03 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0368  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2978  lytic transglycosylase, catalytic  38.28 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.993204 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1319  invasion protein  38.28 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0274  lytic transglycosylase catalytic  33.79 
 
 		 174 aa  79  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.624808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3707  hypothetical protein  36.69 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0917691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5194  type IV secretory pathway, putative lytic transglycosylase; putative exported protein  36.42 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1529  hypothetical protein  36.42 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5548  lytic transglycosylase catalytic  35.51 
 
 		 268 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871042 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0761  hypothetical protein  34.62 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112238  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1708  lytic transglycosylase, catalytic  37.67 
 
 		 265 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0133415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0072  invasion protein  36.3 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0613  Lytic transglycosylase catalytic  36.92 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.92837  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  36.64 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2898  lytic transglycosylase, catalytic  33.15 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00000087511  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0593  hypothetical protein  34.78 
 
 		 267 aa  72.4  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2548  hypothetical protein  35.82 
 
 		 302 aa  72  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3220  lytic transglycosylase catalytic  36.92 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2684  lytic transglycosylase catalytic  33.97 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0634  lytic transglycosylase catalytic  35.38 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.308805  normal  0.480639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0645  Lytic transglycosylase catalytic  35.38 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.176498 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1110  lytic transglycosylase, catalytic  37.19 
 
 		 175 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0040  Lytic transglycosylase catalytic  36.92 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1124  transglycosylase  30.99 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1141  hypothetical protein  31.65 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1996  lytic transglycosylase catalytic  36.89 
 
 		 310 aa  64.7  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000014768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3431  Lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4195  lytic transglycosylase catalytic  29.66 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1676  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660127  normal  0.0250145 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  32.09 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>