69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0072 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0072  invasion protein  100 
 
 
265 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1708  lytic transglycosylase, catalytic  98.11 
 
 
265 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0133415 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1661  lytic transglycosylase, catalytic  75.86 
 
 
260 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.469495  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3431  Lytic transglycosylase catalytic  39.33 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2898  lytic transglycosylase, catalytic  38.27 
 
 
369 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00000087511  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2548  hypothetical protein  48.09 
 
 
302 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1996  lytic transglycosylase catalytic  42.96 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000014768  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0593  hypothetical protein  35.96 
 
 
267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1319  invasion protein  43.06 
 
 
226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2978  lytic transglycosylase, catalytic  43.06 
 
 
226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.993204 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2614  lytic transglycosylase, catalytic  41.96 
 
 
229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0645  Lytic transglycosylase catalytic  41.73 
 
 
222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.176498 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0336  Lytic transglycosylase catalytic  38.06 
 
 
185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0634  lytic transglycosylase catalytic  41.73 
 
 
179 aa  110  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.308805  normal  0.480639 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0368  Lytic transglycosylase catalytic  38.81 
 
 
185 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.766168 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1124  transglycosylase  40.15 
 
 
190 aa  108  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0613  Lytic transglycosylase catalytic  41.13 
 
 
197 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.92837  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6568  lytic transglycosylase catalytic  44.92 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1141  hypothetical protein  36.73 
 
 
190 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0761  hypothetical protein  35.86 
 
 
182 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112238  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3707  hypothetical protein  39.49 
 
 
251 aa  102  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0917691  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0274  lytic transglycosylase catalytic  36.23 
 
 
174 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.624808  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4195  lytic transglycosylase catalytic  38.58 
 
 
180 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2684  lytic transglycosylase catalytic  34.75 
 
 
177 aa  99  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6298  hypothetical protein  40.38 
 
 
265 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.192208  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1676  lytic transglycosylase catalytic  33.74 
 
 
181 aa  98.6  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660127  normal  0.0250145 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0281  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 
182 aa  97.8  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1110  lytic transglycosylase, catalytic  39.84 
 
 
175 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5194  type IV secretory pathway, putative lytic transglycosylase; putative exported protein  43.22 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.851054  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1529  hypothetical protein  43.22 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3220  lytic transglycosylase catalytic  35.56 
 
 
184 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140959  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0040  Lytic transglycosylase catalytic  39.2 
 
 
187 aa  96.7  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5548  lytic transglycosylase catalytic  44.07 
 
 
268 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871042 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3939  lytic transglycosylase, catalytic  34.46 
 
 
178 aa  87  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.307099  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0630  lytic transglycosylase, catalytic  31.02 
 
 
187 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3720  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.3 
 
 
212 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1410  lytic transglycosylase, catalytic  39.52 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.942622 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1276  lytic transglycosylase, catalytic  39.52 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.11854  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2334  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 
196 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370979  unclonable  0.00000020611 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1177  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
196 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0671  Lytic transglycosylase catalytic  36.73 
 
 
194 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4167  lytic transglycosylase catalytic  33.16 
 
 
201 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.381965  normal  0.719348 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1197  hypothetical protein  37.11 
 
 
196 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66344  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2843  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1456  hypothetical protein  37.5 
 
 
185 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.400951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3303  lytic transglycosylase catalytic  35.9 
 
 
184 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3412  lytic transglycosylase catalytic  34.69 
 
 
196 aa  72  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17107  normal  0.120299 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0642  Lytic transglycosylase catalytic  36.44 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3010  lytic transglycosylase, catalytic  35.1 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.857835 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2210  lytic transglycosylase, catalytic  36.3 
 
 
206 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.31341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2932  lytic transglycosylase, catalytic  39.53 
 
 
184 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2378  hypothetical protein  35.88 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.268225  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0529  lytic transglycosylase, catalytic  33.94 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0965  Lytic transglycosylase catalytic  35.83 
 
 
206 aa  65.1  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0323  lytic transglycosylase catalytic  35.16 
 
 
230 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4099  lytic transglycosylase catalytic  36.45 
 
 
230 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1640  Lytic transglycosylase catalytic  29.14 
 
 
196 aa  63.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4182  lytic transglycosylase catalytic  37.25 
 
 
230 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0450  putative signal peptide  27.5 
 
 
196 aa  59.3  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59660  hypothetical protein  28.89 
 
 
193 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000384805  hitchhiker  1.2342600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4498  soluble lytic murein transglycosylase  32.69 
 
 
193 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.92102  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0192  transglycosylase SLT domain-containing protein  28.49 
 
 
177 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000268096 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2355  Lytic transglycosylase catalytic  27.33 
 
 
203 aa  50.8  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0253  Lytic transglycosylase catalytic  31.39 
 
 
164 aa  50.4  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1609  Lytic transglycosylase catalytic  28.89 
 
 
177 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 
180 aa  47.8  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0798  lytic transglycosylase catalytic  35.53 
 
 
351 aa  47  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.44501  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.4 
 
 
447 aa  44.3  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2494  lytic transglycosylase, catalytic  30.95 
 
 
194 aa  42  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.180368  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>