More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1155 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  100 
 
 		 344 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  79.23 
 
 		 346 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  46.34 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  45.83 
 
 		 347 aa  233  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  48.33 
 
 		 329 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  46.04 
 
 		 519 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.77 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  42.68 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.68 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  39.94 
 
 		 331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.68 
 
 		 336 aa  212  9e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.81 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.68 
 
 		 331 aa  210  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.9 
 
 		 352 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  44.2 
 
 		 326 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.81 
 
 		 341 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  43.75 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  45.05 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  41.28 
 
 		 348 aa  199  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  42.6 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  43.41 
 
 		 353 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.29 
 
 		 340 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.45 
 
 		 329 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  43.43 
 
 		 324 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.25 
 
 		 332 aa  196  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 		 330 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  42.07 
 
 		 331 aa  195  9e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  40.72 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.35 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  44.04 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.76 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  41.4 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  42.04 
 
 		 341 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  49.24 
 
 		 329 aa  189  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.77 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  44.65 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.08 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.94 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.62 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.62 
 
 		 356 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  44.14 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.51 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  39.94 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.21 
 
 		 344 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  37.64 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  41.64 
 
 		 331 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  39.14 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.62 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.35 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  41.69 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  45.43 
 
 		 321 aa  176  7e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  40.55 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  41.16 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  38.17 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.57 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  40.49 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  40.8 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  37.98 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.32 
 
 		 350 aa  167  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  39.53 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.79 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.84 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  35.64 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.72 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.42 
 
 		 339 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.9 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.9 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.6 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.6 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  31.69 
 
 		 350 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.3 
 
 		 350 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.3 
 
 		 350 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.88 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.88 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  31.87 
 
 		 344 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.94 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  33.33 
 
 		 365 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0141  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  33.79 
 
 		 352 aa  103  6e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.977117 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2499  aminotransferase class I and II  32.59 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0170633  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  32.75 
 
 		 361 aa  97.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.06 
 
 		 360 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.18 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0760  threonine-phosphate decarboxylase  30.64 
 
 		 364 aa  90.5  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0846626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0687  threonine-phosphate decarboxylase  30.64 
 
 		 364 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000611427  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0747  threonine-phosphate decarboxylase  30.35 
 
 		 364 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00550171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  25.45 
 
 		 366 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0701  threonine-phosphate decarboxylase  30.35 
 
 		 364 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0153114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1104  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  29.02 
 
 		 375 aa  86.3  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0804  threonine-phosphate decarboxylase  30.35 
 
 		 364 aa  85.9  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0706087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3453  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  26.06 
 
 		 496 aa  82.8  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.131993 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2087  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.03 
 
 		 498 aa  82.4  0.000000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.787862  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1067  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.53 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.748471  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1723  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  25.31 
 
 		 362 aa  82  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1011  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.32 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2458  histidinol-phosphate aminotransferase  28.25 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.22 
 
 		 379 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.18 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>