More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2090 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  100 
 
 
372 aa  767    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.83 
 
 
329 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  42.29 
 
 
350 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  43.54 
 
 
336 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  41.24 
 
 
335 aa  249  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  42.03 
 
 
334 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  42.5 
 
 
331 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  42.16 
 
 
348 aa  245  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  41.71 
 
 
353 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  40.83 
 
 
330 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.02 
 
 
341 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  39.44 
 
 
330 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.54 
 
 
356 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  39.39 
 
 
331 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  42.27 
 
 
330 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  40.22 
 
 
348 aa  229  6e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  42.31 
 
 
334 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.62 
 
 
340 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.94 
 
 
333 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  39.67 
 
 
354 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 
328 aa  223  4e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.13 
 
 
335 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  42.7 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  40.83 
 
 
330 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  37.99 
 
 
341 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.94 
 
 
343 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.33 
 
 
339 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  40.83 
 
 
330 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  36.89 
 
 
353 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.48 
 
 
335 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.13 
 
 
339 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.02 
 
 
339 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.57 
 
 
350 aa  190  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  37.05 
 
 
350 aa  190  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  35 
 
 
344 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  36.14 
 
 
519 aa  182  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.16 
 
 
339 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  34.08 
 
 
326 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.15 
 
 
338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  38.15 
 
 
338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  32.52 
 
 
331 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.34 
 
 
339 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.71 
 
 
350 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.71 
 
 
350 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.71 
 
 
350 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.44 
 
 
350 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.44 
 
 
350 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  34.68 
 
 
341 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  35.16 
 
 
350 aa  167  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  34.88 
 
 
332 aa  166  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  34.88 
 
 
332 aa  166  9e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  33.96 
 
 
340 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  33.88 
 
 
347 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  34.93 
 
 
329 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  33.88 
 
 
343 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  33.9 
 
 
337 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.78 
 
 
329 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  31.54 
 
 
333 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  33.51 
 
 
346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  34 
 
 
347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  31.13 
 
 
318 aa  146  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  31.93 
 
 
324 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  31.18 
 
 
325 aa  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  31.37 
 
 
324 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.16 
 
 
336 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  32.63 
 
 
365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  30.19 
 
 
320 aa  139  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  32.32 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  33.07 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.86 
 
 
338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.6 
 
 
352 aa  130  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.14 
 
 
331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.27 
 
 
344 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  30.33 
 
 
327 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  31.59 
 
 
331 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.77 
 
 
335 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.3 
 
 
332 aa  123  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  34.9 
 
 
344 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.51 
 
 
329 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.59 
 
 
370 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.22 
 
 
379 aa  99.8  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  25.57 
 
 
357 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  27.92 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.36 
 
 
362 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0141  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.09 
 
 
352 aa  85.5  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.977117 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  25.21 
 
 
361 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.54 
 
 
360 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1114  threonine-phosphate decarboxylase  22.9 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.677622  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2458  histidinol-phosphate aminotransferase  28.91 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  25.72 
 
 
852 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1139  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.78 
 
 
348 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.122292 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1616  histidinol-phosphate aminotransferase  26.51 
 
 
352 aa  82  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01116  histidinol-phosphate aminotransferase  28.49 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2089  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  24.76 
 
 
498 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3453  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  25.61 
 
 
496 aa  80.5  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.131993 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2010  histidinol-phosphate aminotransferase  28.57 
 
 
357 aa  80.1  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1585  class I/II aminotransferase  25 
 
 
359 aa  79.3  0.00000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0403  histidinol-phosphate aminotransferase  28.31 
 
 
360 aa  79.3  0.00000000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.752723  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1295  threonine-phosphate decarboxylase  22.25 
 
 
354 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.806359  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>