More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1275 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  100 
 
 		 330 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  92.42 
 
 		 330 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  92.42 
 
 		 330 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  81.52 
 
 		 330 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  64.24 
 
 		 335 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  60.54 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  64.22 
 
 		 331 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  64.22 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  64.62 
 
 		 353 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  61.98 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  58.7 
 
 		 336 aa  348  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  57.28 
 
 		 329 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  53.68 
 
 		 331 aa  328  8e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  56.25 
 
 		 341 aa  326  3e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  52.42 
 
 		 348 aa  306  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  52.76 
 
 		 328 aa  297  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  49.54 
 
 		 348 aa  289  4e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  51.35 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  56.83 
 
 		 321 aa  285  5e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  50.15 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  48.19 
 
 		 354 aa  272  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.69 
 
 		 333 aa  269  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  49.24 
 
 		 341 aa  270  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  50.3 
 
 		 343 aa  265  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.79 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.95 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.85 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.52 
 
 		 353 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.04 
 
 		 335 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  39.44 
 
 		 372 aa  239  5e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.55 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.79 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.04 
 
 		 339 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.25 
 
 		 335 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.27 
 
 		 350 aa  228  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.31 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.31 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.17 
 
 		 350 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.17 
 
 		 350 aa  225  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.17 
 
 		 350 aa  225  9e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.87 
 
 		 350 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.87 
 
 		 350 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  43.49 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.87 
 
 		 350 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  46.44 
 
 		 337 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  39.24 
 
 		 350 aa  222  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.31 
 
 		 339 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  44.62 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  40.18 
 
 		 331 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  41.95 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.95 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.73 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.22 
 
 		 329 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  43.66 
 
 		 341 aa  206  6e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.64 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.87 
 
 		 519 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  42.64 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.2 
 
 		 329 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  42.68 
 
 		 324 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  42.33 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  43.43 
 
 		 346 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.39 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  36.84 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  42.64 
 
 		 324 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.91 
 
 		 336 aa  179  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  41.27 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.24 
 
 		 338 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.3 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  37.7 
 
 		 331 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  37.73 
 
 		 352 aa  169  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  39.27 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  42.6 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  36.09 
 
 		 318 aa  164  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.41 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.99 
 
 		 329 aa  162  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  37.72 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.48 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  37.43 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  34.53 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  34.24 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.41 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  35.41 
 
 		 361 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.18 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.06 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  29.75 
 
 		 852 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.72 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.47 
 
 		 399 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0869  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.78 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1268  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.97 
 
 		 364 aa  98.6  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.54 
 
 		 370 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.4 
 
 		 379 aa  97.4  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1118  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.71 
 
 		 366 aa  93.6  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1139  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.33 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.122292 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1265  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.78 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1447  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.03 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1515  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.56 
 
 		 361 aa  90.5  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02141  adenosyl cobinamide kinase; adenosyl cobinamide phosphate guanylyltransferase  55 
 
 		 150 aa  89  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.62979  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2087  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  29.82 
 
 		 498 aa  89  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.787862  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1114  threonine-phosphate decarboxylase  23.22 
 
 		 354 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.677622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0760  threonine-phosphate decarboxylase  27.56 
 
 		 364 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0846626  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>