More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3743 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  100 
 
 
326 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  69.75 
 
 
329 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  47.08 
 
 
331 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  49.23 
 
 
332 aa  282  5.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  49.23 
 
 
332 aa  282  5.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  51.99 
 
 
329 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  49.69 
 
 
343 aa  261  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  48.78 
 
 
331 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  47.13 
 
 
519 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  48.34 
 
 
338 aa  248  9e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  48.79 
 
 
347 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.78 
 
 
340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  49.69 
 
 
332 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  45.02 
 
 
331 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.95 
 
 
347 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  44.21 
 
 
341 aa  229  5e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  44.85 
 
 
353 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  44.44 
 
 
324 aa  225  6e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  41.62 
 
 
354 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  40.79 
 
 
330 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  42.42 
 
 
325 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  43.6 
 
 
330 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.75 
 
 
352 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.29 
 
 
336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  45.51 
 
 
318 aa  221  9e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  44.41 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  42.81 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  43.03 
 
 
341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  41.46 
 
 
335 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  44.27 
 
 
337 aa  220  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  44.14 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.21 
 
 
328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.94 
 
 
341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.33 
 
 
333 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  40.69 
 
 
331 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  43.9 
 
 
331 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  43.9 
 
 
331 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.81 
 
 
335 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  49.1 
 
 
344 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  45.2 
 
 
324 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  42.99 
 
 
336 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  42.46 
 
 
348 aa  217  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.29 
 
 
329 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  41.77 
 
 
348 aa  216  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  51.67 
 
 
329 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.81 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  44.04 
 
 
335 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  43.43 
 
 
328 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  43.34 
 
 
320 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  44.98 
 
 
346 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  40.55 
 
 
330 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  40.61 
 
 
334 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.51 
 
 
353 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.49 
 
 
339 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  44.48 
 
 
321 aa  202  8e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.81 
 
 
356 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.51 
 
 
350 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.06 
 
 
335 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  42.73 
 
 
334 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  42.38 
 
 
330 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  43.33 
 
 
330 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.41 
 
 
339 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  34.58 
 
 
350 aa  182  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.51 
 
 
339 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  33.97 
 
 
372 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.73 
 
 
350 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.88 
 
 
339 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  41.34 
 
 
327 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  44.48 
 
 
344 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.18 
 
 
338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.18 
 
 
338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.59 
 
 
350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.27 
 
 
350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.27 
 
 
350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.27 
 
 
350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.96 
 
 
350 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.96 
 
 
350 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  35.29 
 
 
344 aa  160  4e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.18 
 
 
339 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  33.67 
 
 
365 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1104  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  31.69 
 
 
375 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  33.13 
 
 
361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.02 
 
 
362 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.17 
 
 
370 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.56 
 
 
357 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.39 
 
 
379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.56 
 
 
366 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.66 
 
 
360 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0869  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.22 
 
 
358 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  31.77 
 
 
399 aa  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0484  cobyric acid synthase  30.67 
 
 
864 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1287  aminotransferase class I and II  26.26 
 
 
356 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0948768  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2458  histidinol-phosphate aminotransferase  27.39 
 
 
351 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  28.21 
 
 
852 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1447  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.6 
 
 
332 aa  97.1  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1737  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.96 
 
 
362 aa  95.9  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0451969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2543  histidinol-phosphate aminotransferase  32.82 
 
 
356 aa  92.8  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.562111  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0687  threonine-phosphate decarboxylase  30.19 
 
 
364 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000611427  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0701  threonine-phosphate decarboxylase  30.31 
 
 
364 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0153114  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0804  threonine-phosphate decarboxylase  30.31 
 
 
364 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0706087  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>