More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1712 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  100 
 
 		 334 aa  673    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  88.59 
 
 		 334 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  70.18 
 
 		 335 aa  475  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  61.98 
 
 		 330 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  61.98 
 
 		 330 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  63.75 
 
 		 331 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  63.44 
 
 		 331 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  59.7 
 
 		 353 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  61.59 
 
 		 336 aa  364  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  61.38 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  61.38 
 
 		 330 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  58.59 
 
 		 341 aa  328  7e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  54.27 
 
 		 329 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  58.18 
 
 		 328 aa  322  4e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  51.82 
 
 		 331 aa  310  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  50.9 
 
 		 348 aa  304  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  57.76 
 
 		 321 aa  295  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  50.15 
 
 		 348 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  49.85 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.25 
 
 		 356 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.39 
 
 		 340 aa  275  9e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.81 
 
 		 333 aa  269  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.25 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  49.25 
 
 		 353 aa  266  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  47.87 
 
 		 335 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  42.31 
 
 		 372 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.45 
 
 		 339 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  46.59 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  48.95 
 
 		 335 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  44.11 
 
 		 341 aa  235  9e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  46.57 
 
 		 350 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  44.85 
 
 		 339 aa  228  8e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.73 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.15 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.73 
 
 		 338 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  38.51 
 
 		 350 aa  219  7e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.73 
 
 		 338 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  44.88 
 
 		 350 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.45 
 
 		 329 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44 
 
 		 519 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  42.5 
 
 		 326 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.48 
 
 		 350 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.48 
 
 		 350 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  43.9 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.48 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.48 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.48 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.18 
 
 		 350 aa  210  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  45.73 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.4 
 
 		 340 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  40.96 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.99 
 
 		 338 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  40.12 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.12 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.09 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  41.37 
 
 		 341 aa  195  7e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.57 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  42.33 
 
 		 324 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  41.57 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  43.03 
 
 		 324 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.09 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  39.39 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  42.95 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.61 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  40.66 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.24 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  40.87 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  39.1 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  41.74 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.86 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  36.97 
 
 		 352 aa  169  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  38.94 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  37.88 
 
 		 327 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.72 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.71 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  36.97 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.21 
 
 		 329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  41.03 
 
 		 344 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  32.74 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  32.34 
 
 		 365 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.09 
 
 		 360 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  33.71 
 
 		 361 aa  106  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  33.83 
 
 		 362 aa  106  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.22 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.88 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.16 
 
 		 379 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0869  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.12 
 
 		 358 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  29.85 
 
 		 399 aa  99.4  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1268  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.16 
 
 		 364 aa  99  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3089  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  29.19 
 
 		 366 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00022777  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1515  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  27.31 
 
 		 361 aa  94  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2087  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  26.53 
 
 		 498 aa  93.2  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.787862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2887  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.9 
 
 		 803 aa  92.4  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3448  cobyric acid synthase CobQ  29.65 
 
 		 852 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1118  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  26.83 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0161  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.46 
 
 		 848 aa  89.4  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2223  hypothetical protein  35.39 
 
 		 336 aa  89  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1067  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  26.17 
 
 		 359 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.748471  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1011  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  28.24 
 
 		 372 aa  86.7  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0141  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  34.57 
 
 		 352 aa  86.7  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.977117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>