More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2622 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2622  cobalamin biosynthetic protein  100 
 
 		 337 aa  668    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0228702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1744  aminotransferase class I and II  58.46 
 
 		 333 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57305  normal  0.193551 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2364  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  57.01 
 
 		 340 aa  359  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.50042  normal  0.0393732 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2122  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  58.33 
 
 		 347 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.312785  hitchhiker  0.00144481 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1890  aminotransferase class I and II  47.13 
 
 		 331 aa  260  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1258  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  47.09 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.461577  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1295  cobC protein  47.09 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4114  threonine-phosphate decarboxylase  46.55 
 
 		 331 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1645  threonine-phosphate decarboxylase  46.22 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26807  normal  0.0171686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47720  threonine-phosphate decarboxylase  46.25 
 
 		 331 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.053805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3743  aminotransferase, class I and II  43.53 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000372169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1275  threonine-phosphate decarboxylase  46.41 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.334025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33090  Cobalamin biosynthesis CobC protein  46.71 
 
 		 353 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0570805  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1235  threonine-phosphate decarboxylase  43.84 
 
 		 330 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0882748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1754  threonine-phosphate decarboxylase  46.3 
 
 		 336 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3136  aminotransferase  42.94 
 
 		 343 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0391  aminotransferase, class I and II  46.63 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.595469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0792  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.51 
 
 		 329 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0101  aminotransferase  41.74 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2445  aminotransferase, class I and II  45.26 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0228466  normal  0.020665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4043  threonine-phosphate decarboxylase  46.11 
 
 		 330 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5025  aminotransferase class I and II  44.57 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1853  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  44.98 
 
 		 329 aa  198  9e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3126  histidinol phosphate aminotransferase  42.17 
 
 		 348 aa  198  9e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.11981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0789  aminotransferase  44.14 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1676  threonine-phosphate decarboxylase  44.14 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0662  putative threonine-phosphate decarboxylase  44.48 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3677  threonine-phosphate decarboxylase  40.65 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.405143  normal  0.0339835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3732  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.33 
 
 		 329 aa  192  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1858  aminotransferase, class I and II  42.86 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2288  threonine-phosphate decarboxylase  44.74 
 
 		 328 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5192  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.73 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1457  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  45.12 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.358298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0389  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  39.52 
 
 		 336 aa  189  7e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5730  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  40.24 
 
 		 519 aa  188  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2819  aminotransferase  43.94 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00154589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3495  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.2 
 
 		 356 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2781  putative threonine-phosphate decarboxylase  42.81 
 
 		 343 aa  185  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.455926  normal  0.636847 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2715  threonine-phosphate decarboxylase  44.51 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.35041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1712  cobalamin biosynthesis protein CobC  41.37 
 
 		 334 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.394156  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4725  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.52 
 
 		 331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0983962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2584  aminotransferase  40.89 
 
 		 331 aa  182  7e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0166  threonine-phosphate decarboxylase  42.14 
 
 		 318 aa  182  9.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2200  aminotransferase, class I and II  41.03 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0113776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1476  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  41.69 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0803755  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2206  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.19 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00487781  normal  0.816406 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5264  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  42.17 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2659  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.25 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0139  aminotransferase  37.91 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0325  aminotransferase  39.94 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1257  aminotransferase, class I and II  38.15 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2651  aminotransferase  42.56 
 
 		 341 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.783504  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1002  putative threonine-phosphate decarboxylase  39.82 
 
 		 353 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2497  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.62 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3274  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.84 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251557 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2736  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  37.69 
 
 		 328 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0275238  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1655  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  38.51 
 
 		 335 aa  169  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.586311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0369  aminotransferase  38.14 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0272  aminotransferase, class I and II  39.29 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.588036  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2090  cobalamin biosynthetic protein CobC  34.06 
 
 		 372 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0845  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.85 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2201  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.12 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  0.0612495 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1130  aminotransferase, class I and II  34.1 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2393  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.67 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0154482 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5780  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.28 
 
 		 339 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1838  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.64 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2449  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.64 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.704028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4870  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  43.56 
 
 		 329 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2365  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.62 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1155  aminotransferase, class I and II  40 
 
 		 344 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.276586 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2454  putative threonine-phosphate decarboxylase  41.34 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0841  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.18 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0694  putative threonine-phosphate decarboxylase  40 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.697335  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1197  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.3 
 
 		 350 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1036  putative threonine-phosphate decarboxylase  40 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2319  putative threonine-phosphate decarboxylase  40 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0907123  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1042  putative threonine-phosphate decarboxylase  40.3 
 
 		 350 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0057725  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2968  putative threonine-phosphate decarboxylase  40 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1142  cobC protein  31.3 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.274817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3676  aminotransferase class I and II  32.75 
 
 		 365 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.203467  normal  0.560738 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1466  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.49 
 
 		 362 aa  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3537  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.54 
 
 		 379 aa  119  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3603  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.99 
 
 		 370 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2989  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative  33.78 
 
 		 361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.223207  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2148  L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.1 
 
 		 357 aa  109  5e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2701  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  30.48 
 
 		 360 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0722  threonine-phosphate decarboxylase  29.81 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.762895 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1655  histidinol-phosphate aminotransferase  28.07 
 
 		 356 aa  106  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.2243  normal  0.955793 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2089  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  27.32 
 
 		 498 aa  106  5e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2087  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.41 
 
 		 498 aa  105  8e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.787862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0487  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  32 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2464  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.42 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.275573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1766  threonine-phosphate decarboxylase  30.52 
 
 		 367 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1614  histidinol-phosphate aminotransferase  27.99 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.216179 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2430  histidinol-phosphate aminotransferase  28.09 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0043  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  31.03 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2527  histidinol-phosphate aminotransferase  28.09 
 
 		 382 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1447  putative L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase  32.08 
 
 		 332 aa  99.4  8e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3453  L-threonine O-3-phosphate decarboxylase  30.53 
 
 		 496 aa  98.6  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.131993 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2954  histidinol-phosphate aminotransferase  27.41 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000139891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>