175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1293 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1696  major facilitator superfamily MFS_1  94.63 
 
 		 392 aa  713    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.433351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4024  major facilitator transporter  94.88 
 
 		 404 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.959779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1293  major facilitator transporter  100 
 
 		 392 aa  766    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0756412  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1571  major facilitator transporter  43.77 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3027  major facilitator transporter  42.78 
 
 		 393 aa  281  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.148703  normal  0.0146244 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2558  major facilitator transporter  42.78 
 
 		 393 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2459  major facilitator transporter  42.53 
 
 		 393 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2859  major facilitator transporter  39.84 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2112  major facilitator superfamily permease  34.35 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954954  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3789  efflux transporter, putative  34.95 
 
 		 406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0557908 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2112  major facilitator superfamily MFS_1  33.51 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000539855  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1621  putative MFS-type transporter YdeE  33.42 
 
 		 395 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.314977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2124  putative MFS-type transporter YdeE  33.51 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0942294  normal  0.976791 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1629  putative MFS-type transporter YdeE  33.42 
 
 		 395 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1688  putative MFS-type transporter YdeE  33.42 
 
 		 395 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1742  putative MFS-type transporter YdeE  33.51 
 
 		 395 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0931308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1623  putative MFS-type transporter YdeE  33.51 
 
 		 395 aa  182  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000326131  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1654  putative MFS-type transporter YdeE  33.15 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00100245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1994  putative MFS-type transporter YdeE  32.78 
 
 		 397 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252393  normal  0.165471 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1630  putative MFS-type transporter YdeE  33.51 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0579751  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01493  predicted transporter  33.24 
 
 		 395 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.045441  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01504  hypothetical protein  33.24 
 
 		 395 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.054912  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2148  putative MFS-type transporter YdeE  33.33 
 
 		 395 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.355886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2464  major facilitator transporter  32.79 
 
 		 417 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.532974  normal  0.0764442 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3308  major facilitator transporter  27.7 
 
 		 412 aa  135  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.943572  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0267  hypothetical protein  28.68 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1587  hypothetical protein  26.95 
 
 		 413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0149232 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3730  hypothetical protein  26.5 
 
 		 412 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.218361  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3324  multidrug resistance protein B; transporter permease  27.07 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3641  hypothetical protein  26.05 
 
 		 412 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2076  major facilitator transporter  27.01 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0854  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2847  putative MFS transporter family protein  26.18 
 
 		 427 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.778144  normal  0.676693 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1258  putative MFS transporter family protein  24.82 
 
 		 442 aa  109  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63699  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48630  putative MFS transporter  29.4 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0171421  normal  0.0121812 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2468  major facilitator transporter  23.84 
 
 		 460 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0361847  normal  0.102149 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2352  major facilitator transporter  23.13 
 
 		 460 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.138408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2363  major facilitator transporter  23.39 
 
 		 464 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1995  major facilitator superfamily MFS_1  23.62 
 
 		 464 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230146  hitchhiker  0.000000379141 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0229  major facilitator family transporter  26.89 
 
 		 423 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.421152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0216  permease; multidrug resistance protein  26.89 
 
 		 423 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0244  major facilitator family transporter  26.89 
 
 		 423 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0256  major facilitator family transporter  26.89 
 
 		 423 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0278  major facilitator family transporter  25.2 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248198  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5066  major facilitator family transporter  25.13 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00487655  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0264  major facilitator family transporter  24.87 
 
 		 423 aa  102  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0402115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0259  major facilitator family transporter  24.81 
 
 		 423 aa  102  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129777  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_880  major facilitator family transporter  28.23 
 
 		 423 aa  99.8  7e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0222  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 424 aa  99.4  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0896  major facilitator transporter  27.76 
 
 		 395 aa  93.2  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0231  major facilitator transporter  26.23 
 
 		 424 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5676  major facilitator transporter  25.28 
 
 		 424 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.858387  decreased coverage  0.000722949 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2847  major facilitator family transporter  25.77 
 
 		 424 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0218  permease; multidrug resistance protein  25.33 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2238  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 		 421 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2339  drug transporter, putative  23.82 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0163  major facilitator transporter  24.41 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0168  major facilitator transporter  24.41 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2097  transporter, putative  28.03 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0785  major facilitator superfamily MFS_1  23.8 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1998  major facilitator superfamily MFS_1  22.14 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000565006  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1844  major facilitator superfamily permease  23.1 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0744  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.871557 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4401  major facilitator transporter  24.56 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1256  major facilitator superfamily protein  25.42 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.684184  normal  0.0983357 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2132  major facilitator transporter  21.94 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4410  major facilitator superfamily MFS_1  28.02 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0810  major facilitator transporter  25.61 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000673475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2688  major facilitator family transporter  20.12 
 
 		 412 aa  60.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.278586  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2882  major facilitator family transporter  20.12 
 
 		 412 aa  60.5  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2669  major facilitator superfamily MFS_1  28.02 
 
 		 435 aa  59.7  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2613  MFS superfamily peptide permease  20.11 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.713108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3092  major facilitator superfamily MFS_1  27.61 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.732045  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4388  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2899  peptide permease  21.56 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.356613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2606  major facilitator transporter  24.36 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.745366 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1664  major facilitator superfamily MFS_1  24.58 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2933  major facilitator family transporter  20.3 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000168922  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2346  peptide permease  21.56 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0385238  hitchhiker  0.0021515 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2885  major facilitator family transporter  21.01 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00734692 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3674  major facilitator superfamily MFS_1  27.54 
 
 		 452 aa  57  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.878146  normal  0.946449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5777  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 		 417 aa  56.2  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328804  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3387  hypothetical protein  20.52 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113682  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3166  hypothetical protein  20.99 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0358769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3416  hypothetical protein  20.99 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2466  major facilitator superfamily permease  25.7 
 
 		 406 aa  56.2  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3060  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  20.99 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000191911  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4255  major facilitator transporter  29.09 
 
 		 419 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3416  major facilitator transporter  21.56 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0372119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0936  major facilitator family transporter  20.35 
 
 		 418 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.98458e-20 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0163  major facilitator transporter  21.92 
 
 		 416 aa  54.7  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2637  MFS superfamily peptide permease  20.41 
 
 		 412 aa  54.3  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2921  major facilitator family transporter  20.3 
 
 		 412 aa  53.5  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000255347  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2239  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 		 433 aa  53.5  0.000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0181769  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0933  major facilitator family transporter  20.35 
 
 		 418 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.965261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3150  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  20.41 
 
 		 393 aa  52.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000153748  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3386  hypothetical protein  20.41 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3391  major facilitator family protein  20.41 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.271693  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5044  major facilitator transporter  25.54 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1861  hypothetical protein  20.7 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>