134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0702 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0702  bile acid:sodium symporter  100 
 
 		 317 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0670  bile acid/Na+ symporter family protein  90.54 
 
 		 317 aa  524  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0701  bile acid:sodium symporter  90.85 
 
 		 317 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479661  normal  0.0319334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4514  bile acid:sodium symporter  87.38 
 
 		 317 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5580  sodium:bile acid symporter family protein  73.42 
 
 		 320 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18500  sodium:bile acid symporter family protein  68.35 
 
 		 325 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.292869  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4621  transporter, putative  73.24 
 
 		 247 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1488  bile acid:sodium symporter  73.24 
 
 		 247 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0035  sodium:bile acid symporter family protein  47.62 
 
 		 329 aa  285  9e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.514466  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1965  bile acid:sodium symporter  48.24 
 
 		 322 aa  241  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1983  bile acid:sodium symporter  45.65 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2614  putative efflux protein  50.95 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.635928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1101  bile acid:sodium symporter  51.28 
 
 		 323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4024  Bile acid:sodium symporter  45.37 
 
 		 330 aa  206  5e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2338  bile acid:sodium symporter  46.33 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2037  Bile acid:sodium symporter  47.6 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4468  bile acid:sodium symporter  47.28 
 
 		 331 aa  196  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4299  bile acid:sodium symporter  47.28 
 
 		 331 aa  196  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4199  bile acid:sodium symporter  47.28 
 
 		 331 aa  196  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3638  bile acid:sodium symporter  46.18 
 
 		 326 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.283342 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4948  bile acid:sodium symporter  47.59 
 
 		 336 aa  179  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.805052  decreased coverage  0.00366916 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3937  Bile acid:sodium symporter  44.19 
 
 		 323 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1550  bile acid:sodium symporter  37.97 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14710  arsenite efflux pump ACR3-like permease  44.12 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2727  Bile acid:sodium symporter  46.33 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4131  bile acid:sodium symporter  44.2 
 
 		 325 aa  165  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3276  bile acid:sodium symporter  36.86 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278714  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12320  arsenite efflux pump ACR3-like permease  43.97 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1762  Bile acid:sodium symporter  39.03 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.215905  normal  0.663205 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1771  bile acid:sodium symporter  31.94 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000272591  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0421  Bile acid:sodium symporter  43.37 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3562  Bile acid:sodium symporter  45.66 
 
 		 327 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1749  arsenical-resistance protein  33.09 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000037149  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5425  bile acid:sodium symporter  39.87 
 
 		 345 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1992  sodium/bile acid symporter family protein  33.09 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000495919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1913  sodium/bile acid symporter family protein  31.72 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000299328  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1943  sodium/bile acid symporter family protein  32.36 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.63514e-32 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1769  sodium/bile acid symporter family protein  32.36 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000068477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1907  sodium/bile acid symporter family protein  32.36 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000305377  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2013  sodium/bile acid symporter family protein  32.36 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000010765  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3431  sodium/bile acid symporter family protein  31.07 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000505133  hitchhiker  0.0000000126508 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1727  arsenical-resistance protein  32 
 
 		 321 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000732374  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0196  Bile acid:sodium symporter  42.36 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3671  bile acid:sodium symporter  36.79 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06310  arsenite efflux pump ACR3-like permease  43.17 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.377649  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4674  bile acid:sodium symporter  43.38 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.179615  normal  0.0121274 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1346  Bile acid:sodium symporter  33.1 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1569  arsenite efflux pump  32.98 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.41034  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0071  Bile acid:sodium symporter  39.84 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2427  Bile acid:sodium symporter  37.19 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06410  hypothetical protein  47.4 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.489079  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2958  arsenical-resistance protein  23.13 
 
 		 362 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.610234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0407  bile acid:sodium symporter  23.55 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.208758  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1704  heavy metal resistance membrane protein  22.44 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.253794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2636  arsenical-resistance protein ACR3  24.07 
 
 		 350 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295985  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5054  arsenical-resistance protein  22.44 
 
 		 359 aa  52.8  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0558  arsenical-resistance protein  22.26 
 
 		 350 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.228234  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1917  arsenical-resistance protein  23.13 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00090668 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3652  bile acid:sodium symporter  27.4 
 
 		 309 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0554  bile acid:sodium symporter  24.58 
 
 		 350 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000301487  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1119  arsenical-resistance protein  23.26 
 
 		 348 aa  50.8  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335014 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2284  Bile acid:sodium symporter  24.18 
 
 		 325 aa  50.1  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1212  arsenical-resistance protein  23.13 
 
 		 356 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3303  bile acid:sodium symporter  24.46 
 
 		 316 aa  49.7  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0688105  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0627  bile acid:sodium symporter  23.89 
 
 		 333 aa  49.7  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125709 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0841  arsenical-resistance protein  23.99 
 
 		 353 aa  49.3  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.437226  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3340  arsenical-resistance protein  23.42 
 
 		 358 aa  49.3  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36602 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1404  arsenical-resistance protein  21.88 
 
 		 345 aa  49.3  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03690  Bile acid:sodium symporter  25 
 
 		 315 aa  49.3  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3083  arsenical-resistance protein  20.13 
 
 		 361 aa  48.5  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1981  arsenical-resistance protein  22 
 
 		 352 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182111  normal  0.240849 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0520  arsenical-resistance protein ACR3  21.56 
 
 		 350 aa  47.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1289  arsenical-resistance protein  21.37 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0606387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3602  arsenical-resistance protein  22.79 
 
 		 357 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.494637 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1810  arsenical-resistance protein  22.68 
 
 		 384 aa  48.1  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.324178  normal  0.452859 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4422  arsenical-resistance protein  19.48 
 
 		 361 aa  48.5  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2603  Bile acid:sodium symporter  23.23 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000713647  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3652  arsenical-resistance protein  24.57 
 
 		 368 aa  48.5  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2684  arsenical-resistance protein  24.77 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0123539  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0220  bile acid:sodium symporter  22.67 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3622  putative transporter  23.5 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0224164  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1155  arsenical-resistance protein  26.47 
 
 		 346 aa  47.8  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.040708  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1875  bile acid transporter family protein  28.18 
 
 		 334 aa  47  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1023  arsenical-resistance protein  23.42 
 
 		 381 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.878952  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0793  arsenical-resistance protein  25.35 
 
 		 367 aa  47  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1199  Bile acid:sodium symporter  24.37 
 
 		 515 aa  47  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4117  bile acid:sodium symporter  22.49 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4238  bile acid:sodium symporter  22.49 
 
 		 300 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038302 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0222  Bile acid:sodium symporter  22.09 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2827  arsenical-resistance protein  21.94 
 
 		 355 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1365  solute/sodium symporter  24.8 
 
 		 344 aa  47  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43170  bile acid/Na+ symporter family transporter  23.04 
 
 		 297 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1857  putative transporter  26.45 
 
 		 311 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1085  arsenical-resistance protein  23.42 
 
 		 381 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.55277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3198  arsenical-resistance protein  23.26 
 
 		 362 aa  46.2  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2859  arsenical-resistance protein  22.85 
 
 		 352 aa  46.2  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2791  arsenical-resistance protein  21.93 
 
 		 362 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2588  Bile acid:sodium symporter  27.32 
 
 		 322 aa  45.4  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.527927  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0939  hypothetical protein  21.25 
 
 		 358 aa  45.8  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2153  arsenical-resistance protein  26.29 
 
 		 349 aa  45.4  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>