More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0535 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  550  1e-155  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2393  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.34 
 
 
270 aa  293  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
256 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1139  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  39.77 
 
 
266 aa  189  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
265 aa  161  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.240015  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
259 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
273 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.178357 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
273 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
262 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.694333  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
270 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
252 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
252 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
258 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
257 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0412  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 
274 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0603  flagellin modification protein A  31.1 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
259 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
257 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3105  flagellin modification protein A  30.63 
 
 
252 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.566927  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 
258 aa  128  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01141  flagellin modification protein A  30.89 
 
 
260 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.667394 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
257 aa  125  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 
259 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
260 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 
262 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
260 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  34.05 
 
 
260 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.09 
 
 
253 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1577  flagellin modification protein A  29.57 
 
 
252 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
255 aa  123  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1352  putative oxidoreductase  26.87 
 
 
271 aa  122  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0380905  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  35.69 
 
 
254 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.08 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.44 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2298  flagellin modification protein A  34.18 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.970759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
257 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
261 aa  118  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
255 aa  118  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
253 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.91 
 
 
258 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
260 aa  116  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1228  flagellin modification protein A  31.44 
 
 
254 aa  115  6e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000472207  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0377  flagellin modification protein A  30.65 
 
 
256 aa  115  6e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1521  flagellin modification protein A  31.18 
 
 
256 aa  115  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.85 
 
 
243 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34089  predicted protein  30.91 
 
 
268 aa  115  8.999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 
259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 
267 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
252 aa  113  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  28.25 
 
 
255 aa  113  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
284 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.97 
 
 
258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 
275 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2849  glucose 1-dehydrogenase  33.84 
 
 
245 aa  112  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.753993 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
250 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0628218  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0509  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.81 
 
 
245 aa  112  8.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.96 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14121  flagellin modification protein A  28.3 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.200573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  29.74 
 
 
256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.52 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.09 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  31.73 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.57 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.09 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03889  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14350)  32.04 
 
 
394 aa  110  3e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696227  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
274 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
253 aa  109  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.77 
 
 
250 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 
256 aa  109  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6193  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  32.08 
 
 
245 aa  108  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
255 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.8 
 
 
245 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 
257 aa  108  8.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  29.41 
 
 
265 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.66 
 
 
246 aa  107  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
259 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.43 
 
 
249 aa  108  1e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
266 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.81 
 
 
248 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  30.26 
 
 
267 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
254 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  30.57 
 
 
258 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>