More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2393 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2393  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  532  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.34 
 
 
267 aa  293  3e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
256 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1139  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  44.19 
 
 
266 aa  208  8e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
273 aa  183  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.178357 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
262 aa  179  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.694333  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
261 aa  178  7e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
265 aa  166  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.240015  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
273 aa  159  7e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
259 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
252 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0603  flagellin modification protein A  29.84 
 
 
256 aa  143  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0412  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
278 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.23 
 
 
250 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.98 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
262 aa  135  5e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
261 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1577  flagellin modification protein A  32.82 
 
 
252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
258 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
254 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.71 
 
 
246 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  30.99 
 
 
270 aa  132  6e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
252 aa  132  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
262 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
245 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.18 
 
 
249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2298  flagellin modification protein A  30.62 
 
 
256 aa  130  3e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.970759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
270 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 
267 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
257 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 
262 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
255 aa  128  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
260 aa  128  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.58 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.82 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.43 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 
249 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3105  flagellin modification protein A  31.66 
 
 
252 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.566927  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
265 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.58 
 
 
246 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
254 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.82 
 
 
247 aa  125  5e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.83 
 
 
255 aa  125  6e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
246 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
255 aa  125  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 
259 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
248 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
247 aa  125  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1352  putative oxidoreductase  27.59 
 
 
271 aa  125  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0380905  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
266 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
255 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.556744  normal  0.320404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
261 aa  125  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.23 
 
 
248 aa  125  9e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.85 
 
 
247 aa  124  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000603  putative 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  34.73 
 
 
239 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0031423  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
248 aa  124  1e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
247 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
256 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.48 
 
 
256 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
263 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
263 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
256 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
276 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
247 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7112  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
248 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.912642 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.5 
 
 
247 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
254 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0509  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.15 
 
 
245 aa  123  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
247 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
254 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
255 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 
260 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
264 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
275 aa  122  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 
259 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 
260 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
266 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
258 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0087  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.5 
 
 
246 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
254 aa  122  9e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>