More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1139 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1139  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  100 
 
 
266 aa  548  1e-155  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.36 
 
 
262 aa  219  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.694333  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2393  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
270 aa  208  8e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.719184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
273 aa  205  8e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
261 aa  201  9e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.124891  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
259 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
267 aa  189  5e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0344  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.178357 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
265 aa  177  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.240015  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 
259 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 
259 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
270 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
274 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
254 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  38.26 
 
 
253 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
257 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0412  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
278 aa  155  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
257 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1352  putative oxidoreductase  31.6 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0380905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
257 aa  152  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  36.74 
 
 
253 aa  152  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
254 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
274 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0603  flagellin modification protein A  32.55 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
258 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2862  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
255 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
254 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.93 
 
 
254 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 
260 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07590  hypothetical protein similar to NADP-dependent mannitol dehydrogenase (Broad)  32.96 
 
 
266 aa  145  5e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2298  flagellin modification protein A  35.02 
 
 
256 aa  145  5e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.970759  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
256 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 
264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
254 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
260 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3219  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 
254 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.28746  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 
258 aa  144  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
256 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
269 aa  143  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
257 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
254 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
267 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
262 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
252 aa  143  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
256 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
255 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
256 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
257 aa  142  6e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
255 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
255 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 
253 aa  142  8e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 
256 aa  141  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
262 aa  141  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3037  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0519224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 
257 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5079  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.703587  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.85 
 
 
257 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
257 aa  139  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
264 aa  138  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4337  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
254 aa  138  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351229  normal  0.909494 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
255 aa  139  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 
255 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1953  Beta-ketoacyl synthase  35.8 
 
 
2081 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.272599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
257 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  35.36 
 
 
257 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
254 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
258 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
254 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.22 
 
 
258 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.63 
 
 
249 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 
254 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
256 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5018  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5842  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.443713  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
262 aa  136  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
257 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
269 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
257 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
258 aa  136  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
257 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
257 aa  136  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>