More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0301 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0301  50S ribosomal protein L5  100 
 
 
195 aa  396  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.433186  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1839  50S ribosomal protein L5  83.08 
 
 
195 aa  337  8e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314483  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2217  50S ribosomal protein L5  83.08 
 
 
195 aa  336  1.9999999999999998e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286629  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2411  50S ribosomal protein L5  81.03 
 
 
195 aa  331  4e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0193  50S ribosomal protein L5  82.47 
 
 
194 aa  328  2e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.368513  normal  0.701941 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2284  50S ribosomal protein L5  77.84 
 
 
196 aa  320  7e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.0000000542096  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2052  50S ribosomal protein L5  82.97 
 
 
196 aa  317  7.999999999999999e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000691649  normal  0.426198 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0854  ribosomal protein L5  60.56 
 
 
191 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0122  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  7e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000110602  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0122  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  7e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000142561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0118  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  8e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000024971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0116  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  8e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000167515  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0143  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  8e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000984973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0134  50S ribosomal protein L5  58.66 
 
 
179 aa  227  8e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.52131e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5183  50S ribosomal protein L5  58.1 
 
 
179 aa  224  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000305231  unclonable  1.92416e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0859  50S ribosomal protein L5  57.22 
 
 
185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246885  hitchhiker  0.001984 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0122  50S ribosomal protein L5  57.54 
 
 
179 aa  224  6e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000641034  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0153  50S ribosomal protein L5  57.54 
 
 
179 aa  224  6e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0116  50S ribosomal protein L5  57.54 
 
 
179 aa  224  7e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000121875  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0117  50S ribosomal protein L5  57.54 
 
 
179 aa  224  9e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000973841  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5775  ribosomal protein L5  59.89 
 
 
184 aa  222  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0133386  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl135  50S ribosomal protein L5  58.43 
 
 
180 aa  222  3e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1001  50S ribosomal protein L5  56.42 
 
 
179 aa  221  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00040162  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2702  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 
179 aa  221  6e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2387  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 
179 aa  221  6e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2360  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 
179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.65428  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3632  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000391784  decreased coverage  0.00000000000159528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2827  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000925898  normal  0.276949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0326  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000464858  decreased coverage  0.00283063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1627  ribosomal protein L5  57.14 
 
 
191 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4264  ribosomal protein L5  55.87 
 
 
179 aa  218  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000140666  unclonable  0.00000000000331495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4355  50S ribosomal protein L5  57.54 
 
 
184 aa  218  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000045958  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0393  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  218  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00978346  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0385  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  218  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000000334346  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3715  50S ribosomal protein L5  55.93 
 
 
180 aa  218  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2620  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  218  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0483122  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1159  50S ribosomal protein L5  58.76 
 
 
183 aa  218  6e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000883476  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0703  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 
182 aa  218  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777115  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0684  50S ribosomal protein L5  55.06 
 
 
180 aa  218  6e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1819  50S ribosomal protein L5  55.31 
 
 
179 aa  217  7e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.160424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3157  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000127372  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3734  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000331998  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3764  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0003555  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5058  ribosomal protein L5  56.74 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0491308  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3490  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00587093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3792  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0743065  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1936  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000916993  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3056  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000258896  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2321  50S ribosomal protein L5  53.93 
 
 
178 aa  217  8.999999999999998e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000058995  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0288  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000152111  normal  0.01295 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0713  50S ribosomal protein L5  53.07 
 
 
184 aa  217  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000209145  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3459  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000529438  decreased coverage  0.00459021 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0339  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000790094  normal  0.0124464 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1273  ribosomal protein L5  55.74 
 
 
184 aa  216  1e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2747  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000000541719  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2143  50S ribosomal protein L5  56.18 
 
 
180 aa  216  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0279  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000228598  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0360  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000501329  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0261  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00011988  hitchhiker  0.00419611 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2053  50S ribosomal protein L5  50.84 
 
 
179 aa  216  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00300411  normal  0.056988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0846  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85914  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1733  ribosomal protein L5  57.23 
 
 
180 aa  216  2e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000736649  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0291  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251494  hitchhiker  0.00000215768 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05780  ribosomal protein L5  59.89 
 
 
183 aa  216  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3512  50S ribosomal protein L5  54.19 
 
 
179 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000147954  hitchhiker  0.00000011465 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0434  50S ribosomal protein L5  54.75 
 
 
179 aa  215  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000357124  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19911  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 
179 aa  215  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0879  50S ribosomal protein L5  56.42 
 
 
179 aa  215  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273914  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2306  50S ribosomal protein L5  55.31 
 
 
179 aa  215  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00313059  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2313  50S ribosomal protein L5  55.06 
 
 
179 aa  215  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000920139  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1117  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 
179 aa  215  4e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01290  ribosomal protein L5  52.91 
 
 
179 aa  215  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.388904  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2265  50S ribosomal protein L5  55.31 
 
 
179 aa  215  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00132272  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0417  ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000637588  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1352  ribosomal protein L5  55.06 
 
 
193 aa  214  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0417  50S ribosomal protein L5  52.81 
 
 
179 aa  214  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000918773  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0638  50S ribosomal protein L5  53.37 
 
 
179 aa  214  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000002891  hitchhiker  0.0000000142331 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0335  ribosomal protein L5  53.07 
 
 
179 aa  214  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1034  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 
179 aa  214  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000106866  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1512  ribosomal protein L5  57.39 
 
 
183 aa  214  5e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.527961  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2676  50S ribosomal protein L5  54.75 
 
 
179 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365679  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4786  50S ribosomal protein L5  57.06 
 
 
185 aa  214  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00000888457  hitchhiker  0.00000000734495 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00742  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  7e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3795  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0138381  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3739  50S ribosomal protein L5P  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000568765  hitchhiker  0.00392049 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3624  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000930132  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2571  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
182 aa  214  8e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3732  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0475697  normal  0.0194704 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3624  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000960301  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3697  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  214  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000182939  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0227  50S ribosomal protein L5  55.87 
 
 
181 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000836347  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0613  50S ribosomal protein L5  54.49 
 
 
179 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00554021  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2245  50S ribosomal protein L5  53.63 
 
 
179 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00560978  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0123  50S ribosomal protein L5  55.31 
 
 
179 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17281  50S ribosomal protein L5  58.05 
 
 
178 aa  213  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.805696  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2845  50S ribosomal protein L5  53.37 
 
 
179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0574  50S ribosomal protein L5  54.79 
 
 
189 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3655  50S ribosomal protein L5  54.75 
 
 
179 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000538083  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0237  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 
180 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.922109 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0119  50S ribosomal protein L5  54.75 
 
 
179 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>