206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0543 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0543  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  100 
 
 
314 aa  645    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.646372  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1415  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  67.83 
 
 
314 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1845  L,D-carboxypeptidase A  45.45 
 
 
318 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1574  L,D-carboxypeptidase A  46.77 
 
 
306 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1332  L,D-carboxypeptidase A  44.87 
 
 
308 aa  245  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.25727 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1397  L,D-carboxypeptidase A  44.05 
 
 
308 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.124574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1452  L,D-carboxypeptidase A  44.55 
 
 
308 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4808  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  44.06 
 
 
359 aa  238  8e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1956  L,D-carboxypeptidase A  43.91 
 
 
304 aa  235  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0449281  normal  0.173901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1938  L,D-carboxypeptidase A  42.63 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.36468  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1333  L,D-carboxypeptidase A  42.63 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000186557  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1350  L,D-carboxypeptidase A  43.27 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2281  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  44.13 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0516375  normal  0.142615 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1996  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  43.87 
 
 
319 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.506424 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2360  L,D-carboxypeptidase A  43.55 
 
 
304 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.970638  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1518  L,D-carboxypeptidase A  42.31 
 
 
304 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131299  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1593  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  43.81 
 
 
328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4303  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  42.99 
 
 
326 aa  232  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1942  L,D-carboxypeptidase A  42.31 
 
 
304 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.614052  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2448  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  44.37 
 
 
316 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01167  L,D-carboxypeptidase A  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.187691  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2456  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000123974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2433  L,D-carboxypeptidase A  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110554  normal  0.383689 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1296  L,D-carboxypeptidase A  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0534846  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1337  L,D-carboxypeptidase A  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0411006  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1998  L,D-carboxypeptidase A  42.31 
 
 
304 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01177  hypothetical protein  43.27 
 
 
304 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.149166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1679  L,D-carboxypeptidase A  42.95 
 
 
304 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000833472  normal  0.396498 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2285  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  41.94 
 
 
351 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.346032  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1921  L,D-carboxypeptidase A  41.85 
 
 
308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271346 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1304  L,D-carboxypeptidase A  42.63 
 
 
308 aa  221  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504378  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2333  L,D-carboxypeptidase A  40.89 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.602476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3081  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  44.07 
 
 
300 aa  219  6e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.060075  normal  0.452816 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1513  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2537  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.286215  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3298  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.968546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2393  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2436  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0765003  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1284  L,D-carboxypeptidase A  40.71 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.017438  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2063  L,D-carboxypeptidase A  40.38 
 
 
313 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2034  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  41.08 
 
 
308 aa  212  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.146137 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2012  L,D-carboxypeptidase A  40.38 
 
 
313 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1749  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  43 
 
 
319 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0546676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2797  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  42.52 
 
 
321 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154146  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1882  L,D-carboxypeptidase A  37.94 
 
 
312 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1303  L,D-carboxypeptidase A  37.62 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0537897 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5282  L,D-carboxypeptidase A  36.98 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0422431 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6110  L,D-carboxypeptidase A  37.3 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1955  L,D-carboxypeptidase A  38.26 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1967  L,D-carboxypeptidase A  37.3 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1991  L,D-carboxypeptidase A  37.3 
 
 
312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1821  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.29 
 
 
423 aa  180  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87713  hitchhiker  0.00000133837 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0859  twin-arginine translocation pathway signal  36.48 
 
 
404 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.819335  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0837  hypothetical protein  36.48 
 
 
414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.229564 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0019  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  33.87 
 
 
316 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.215388 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0029  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.23 
 
 
316 aa  142  6e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0259405  normal  0.953686 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2016  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  31.27 
 
 
318 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.731206  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0047  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.53 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0046  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30.45 
 
 
322 aa  132  7.999999999999999e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1871  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.81 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0027  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30 
 
 
320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0048  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.48 
 
 
314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.616431  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0584  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.76 
 
 
348 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2768  LD-carboxypeptidase family protein  32.81 
 
 
293 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4176  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  29.34 
 
 
357 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0601  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.66 
 
 
348 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.62332  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2453  mccF-like protein  32.42 
 
 
293 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2258  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.17 
 
 
363 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000465368 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4926  twin-arginine translocation pathway signal  31.79 
 
 
361 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0854  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.81 
 
 
312 aa  116  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0590  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.9 
 
 
305 aa  116  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00406541  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1985  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.85 
 
 
339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1289  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30.56 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4910  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.46 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128851  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3925  hypothetical protein  30.03 
 
 
306 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1418  hypothetical protein  30.36 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1087  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.57 
 
 
305 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4962  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  31.25 
 
 
315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0687  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.65 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000215417  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1482  hypothetical protein  30.36 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1525  hypothetical protein  30.13 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0711  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  30 
 
 
318 aa  108  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374689  normal  0.0271624 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2621  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  33.12 
 
 
329 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.799378  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0123  hypothetical protein  29.03 
 
 
297 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1838  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  28.48 
 
 
311 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.396505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5967  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.99 
 
 
301 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1282  hypothetical protein  29.33 
 
 
306 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1254  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  29.33 
 
 
306 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203057  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1456  hypothetical protein  29.33 
 
 
306 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.946186 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1384  hypothetical protein  29.33 
 
 
306 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.202295  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4176  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.23 
 
 
288 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1256  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  29 
 
 
306 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3374  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.64 
 
 
341 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.511147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1956  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.9 
 
 
319 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.131813 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3582  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.62 
 
 
309 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149694 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5153  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.33 
 
 
304 aa  104  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5012  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  31.41 
 
 
299 aa  102  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.915313  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2712  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  27.92 
 
 
310 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3904  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  27.39 
 
 
288 aa  99.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3393  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.16 
 
 
344 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.370243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>