208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3904 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3904  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  100 
 
 
288 aa  593  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3989  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  95.82 
 
 
288 aa  570  1.0000000000000001e-162  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000310915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4799  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  35.12 
 
 
312 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.26616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4962  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  37.8 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4176  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  31.02 
 
 
357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2768  LD-carboxypeptidase family protein  31.44 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4674  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  34.71 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0622  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.48 
 
 
312 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4852  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.12 
 
 
312 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2453  mccF-like protein  31.44 
 
 
293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0687  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.72 
 
 
305 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000215417  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1985  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.22 
 
 
339 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0019  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30.93 
 
 
316 aa  132  5e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.215388 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0590  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.69 
 
 
305 aa  132  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00406541  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0854  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.4 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0745  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.56 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0029  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.62 
 
 
316 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0259405  normal  0.953686 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3925  hypothetical protein  29.21 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1289  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.97 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1418  hypothetical protein  29.21 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0048  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  29 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.616431  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4926  twin-arginine translocation pathway signal  30.63 
 
 
361 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2258  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.14 
 
 
363 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000465368 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0046  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.38 
 
 
322 aa  122  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0047  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  29.55 
 
 
323 aa  123  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1525  hypothetical protein  29.9 
 
 
306 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1482  hypothetical protein  29.9 
 
 
306 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1456  hypothetical protein  29.55 
 
 
306 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.946186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1282  hypothetical protein  29.76 
 
 
306 aa  122  9e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1384  hypothetical protein  29.76 
 
 
306 aa  122  9e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.202295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1254  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  29.55 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203057  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1256  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  29.55 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0027  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  27.61 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0584  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.2 
 
 
348 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0601  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.2 
 
 
348 aa  118  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.62332  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1087  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.57 
 
 
305 aa  116  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0711  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  32.81 
 
 
318 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374689  normal  0.0271624 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2333  L,D-carboxypeptidase A  34.88 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.602476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1593  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.27 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5012  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  29.73 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.915313  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2281  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.27 
 
 
328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0516375  normal  0.142615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1452  L,D-carboxypeptidase A  32.94 
 
 
308 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3582  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.49 
 
 
309 aa  112  8.000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149694 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4434  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.56 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04130  putative carboxypeptidase  28.67 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3374  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.08 
 
 
341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.511147 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4498  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.56 
 
 
297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.68136  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4459  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  29.66 
 
 
301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7443  putative muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.84 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4524  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.77 
 
 
309 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4808  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30.67 
 
 
359 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2668  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.92 
 
 
296 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.127602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3393  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.26 
 
 
344 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.370243 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2712  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.17 
 
 
310 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2360  L,D-carboxypeptidase A  31.51 
 
 
304 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.970638  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1874  microcin C7 resistance-like protein (MccF)  28.62 
 
 
324 aa  106  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.235948  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2016  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  26.53 
 
 
318 aa  106  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.731206  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4303  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.41 
 
 
326 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6110  L,D-carboxypeptidase A  31.25 
 
 
312 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1967  L,D-carboxypeptidase A  31.25 
 
 
312 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3395  peptidase S66, LD-carboxypeptidase A  33.47 
 
 
321 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3478  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.2 
 
 
321 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01167  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.187691  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2456  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000123974  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1889  microcin immunity protein MccF, putative  28.21 
 
 
317 aa  104  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.953828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1991  L,D-carboxypeptidase A  31.54 
 
 
312 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4910  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  28.23 
 
 
310 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128851  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2200  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  26.64 
 
 
339 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.498556  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1296  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0534846  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1921  L,D-carboxypeptidase A  33.33 
 
 
308 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271346 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01177  hypothetical protein  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.149166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1337  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0411006  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1415  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  25.32 
 
 
314 aa  104  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2433  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110554  normal  0.383689 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0082  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.65 
 
 
299 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.176259  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2797  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  29.37 
 
 
321 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154146  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4290  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  28.52 
 
 
299 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1350  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1397  L,D-carboxypeptidase A  28.48 
 
 
308 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.124574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6860  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  27.72 
 
 
348 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1332  L,D-carboxypeptidase A  28.25 
 
 
308 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.25727 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3212  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  27.3 
 
 
325 aa  103  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5282  L,D-carboxypeptidase A  31.53 
 
 
312 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0422431 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1963  hypothetical protein  27.53 
 
 
298 aa  103  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3880  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  27.04 
 
 
328 aa  103  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1956  L,D-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
304 aa  102  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0449281  normal  0.173901 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3542  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.78 
 
 
321 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19840  uncharacterized MccF-like protein (microcin C7 resistance)  27.78 
 
 
306 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.261069  decreased coverage  0.0000458463 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1996  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  30.94 
 
 
319 aa  102  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.506424 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6755  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  26.87 
 
 
315 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.12577  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0209  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30 
 
 
303 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647041  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2396  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  26.64 
 
 
296 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.309773  normal  0.445345 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2448  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  28.43 
 
 
316 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1679  L,D-carboxypeptidase A  30.79 
 
 
304 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000833472  normal  0.396498 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2063  L,D-carboxypeptidase A  30.63 
 
 
313 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1218  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  26.27 
 
 
299 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.190854  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1882  L,D-carboxypeptidase A  30.42 
 
 
312 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0543  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  27.39 
 
 
314 aa  99.8  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.646372  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1871  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  29.23 
 
 
313 aa  99.4  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1664  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.95 
 
 
292 aa  99.4  7e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.191805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>