210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1955 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1955  L,D-carboxypeptidase A  100 
 
 
312 aa  630  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1882  L,D-carboxypeptidase A  98.08 
 
 
312 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.507985 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1991  L,D-carboxypeptidase A  96.15 
 
 
312 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5282  L,D-carboxypeptidase A  95.51 
 
 
312 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0422431 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6110  L,D-carboxypeptidase A  95.51 
 
 
312 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1967  L,D-carboxypeptidase A  95.51 
 
 
312 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1303  L,D-carboxypeptidase A  94.87 
 
 
312 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0537897 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1513  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2537  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.286215  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3298  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.968546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2393  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2436  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0765003  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1284  L,D-carboxypeptidase A  84.89 
 
 
313 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.017438  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2063  L,D-carboxypeptidase A  85.48 
 
 
313 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2012  L,D-carboxypeptidase A  84.57 
 
 
313 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1921  L,D-carboxypeptidase A  72.22 
 
 
308 aa  474  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271346 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2333  L,D-carboxypeptidase A  72.19 
 
 
308 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.602476 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1304  L,D-carboxypeptidase A  70.53 
 
 
308 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504378  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1518  L,D-carboxypeptidase A  51.32 
 
 
304 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.131299  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1333  L,D-carboxypeptidase A  50.99 
 
 
304 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000186557  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1998  L,D-carboxypeptidase A  50.99 
 
 
304 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1938  L,D-carboxypeptidase A  50.99 
 
 
304 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.36468  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1942  L,D-carboxypeptidase A  50.66 
 
 
304 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.614052  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1350  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1679  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000833472  normal  0.396498 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01167  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.187691  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2456  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000123974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2433  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110554  normal  0.383689 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1296  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0534846  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1337  L,D-carboxypeptidase A  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0411006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01177  hypothetical protein  49.67 
 
 
304 aa  288  8e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.149166  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1574  L,D-carboxypeptidase A  51.49 
 
 
306 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.844066 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1956  L,D-carboxypeptidase A  49.17 
 
 
304 aa  287  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0449281  normal  0.173901 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1845  L,D-carboxypeptidase A  49.04 
 
 
318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2360  L,D-carboxypeptidase A  48.16 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.970638  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1397  L,D-carboxypeptidase A  46.73 
 
 
308 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.124574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1452  L,D-carboxypeptidase A  46.73 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1332  L,D-carboxypeptidase A  46.41 
 
 
308 aa  269  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.25727 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1821  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  40.39 
 
 
423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87713  hitchhiker  0.00000133837 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0859  twin-arginine translocation pathway signal  38.34 
 
 
404 aa  229  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.819335  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0837  hypothetical protein  37.62 
 
 
414 aa  228  7e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.229564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2797  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  41.41 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154146  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1415  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.34 
 
 
314 aa  205  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2448  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  39.4 
 
 
316 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0543  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.26 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.646372  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2034  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  40.21 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.146137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4303  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  40.2 
 
 
326 aa  199  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4808  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.85 
 
 
359 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3081  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  39.72 
 
 
300 aa  192  7e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.060075  normal  0.452816 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1593  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.59 
 
 
328 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1996  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  37.79 
 
 
319 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.506424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2281  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  38.03 
 
 
328 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0516375  normal  0.142615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2285  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  35.21 
 
 
351 aa  185  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.346032  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1749  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  39.6 
 
 
319 aa  185  9e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0546676  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1871  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  36.33 
 
 
313 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0047  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.38 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0029  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.29 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0259405  normal  0.953686 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0019  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  34.71 
 
 
316 aa  162  7e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.215388 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0854  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  35.31 
 
 
312 aa  161  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0048  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  33.01 
 
 
314 aa  157  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.616431  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0027  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  32.89 
 
 
320 aa  157  3e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4176  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  32.91 
 
 
357 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2016  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase, putative  35.08 
 
 
318 aa  151  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.731206  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0046  Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  31.4 
 
 
322 aa  148  9e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1985  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  35.88 
 
 
339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4926  twin-arginine translocation pathway signal  32.01 
 
 
361 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0584  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.95 
 
 
348 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2258  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.46 
 
 
363 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000465368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0601  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.33 
 
 
348 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.62332  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3582  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  34.12 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149694 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0711  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  33.89 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374689  normal  0.0271624 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3374  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.7 
 
 
341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.511147 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4910  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  32.31 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128851  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1838  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  34.9 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.396505 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3925  hypothetical protein  30.61 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1482  hypothetical protein  29.37 
 
 
306 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1289  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase  29.69 
 
 
306 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1963  hypothetical protein  33.1 
 
 
298 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3337  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  34.12 
 
 
309 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1525  hypothetical protein  28.81 
 
 
306 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1418  hypothetical protein  29.93 
 
 
306 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0687  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.21 
 
 
305 aa  122  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000215417  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4962  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  36.64 
 
 
315 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1456  hypothetical protein  28.85 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.946186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1282  hypothetical protein  28.85 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1384  hypothetical protein  28.85 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.202295  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0745  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  29.29 
 
 
316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1254  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  28.85 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203057  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1956  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.94 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.131813 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1256  muramoyltetrapeptide carboxypeptidase; microcin immunity protein  28.52 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2768  LD-carboxypeptidase family protein  29.76 
 
 
293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19840  uncharacterized MccF-like protein (microcin C7 resistance)  30.54 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.261069  decreased coverage  0.0000458463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0622  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  33.85 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3395  peptidase S66, LD-carboxypeptidase A  32.89 
 
 
321 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2621  peptidase U61, LD-carboxypeptidase A  33.79 
 
 
329 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.799378  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0590  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.62 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00406541  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1087  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  30.31 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1854  hypothetical protein  31.97 
 
 
317 aa  116  6e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2453  mccF-like protein  29.41 
 
 
293 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5967  peptidase U61 LD-carboxypeptidase A  31.17 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.145246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>