86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4128 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  100 
 
 		 209 aa  420  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  78.1 
 
 		 210 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  76.67 
 
 		 210 aa  333  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  76.19 
 
 		 210 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  75.24 
 
 		 210 aa  327  7e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  75.24 
 
 		 210 aa  327  7e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  75.24 
 
 		 210 aa  327  7e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  74.29 
 
 		 210 aa  323  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  76.78 
 
 		 211 aa  314  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  76.78 
 
 		 211 aa  314  5e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  52.28 
 
 		 198 aa  201  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  52.28 
 
 		 198 aa  201  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  49.75 
 
 		 217 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  48.13 
 
 		 219 aa  181  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.29 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.29 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  35.29 
 
 		 210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  34.41 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.84 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  34.41 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.87 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  35.84 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  38.27 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  33.87 
 
 		 201 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  34.1 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.1 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  33.72 
 
 		 210 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  34.3 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.95 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.05 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.12 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.51 
 
 		 218 aa  98.2  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  38.35 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.03 
 
 		 217 aa  92.8  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 212 aa  92.4  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  35.52 
 
 		 209 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  35.71 
 
 		 209 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.43 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.5 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  29 
 
 		 200 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.41 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  37.5 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  35.56 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.17 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  31.46 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.19 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  34.25 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.81 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  30.61 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.62 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.07 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.55 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  33.83 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  31.36 
 
 		 176 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.25 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  30.95 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  32.86 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  30.36 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  28.57 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  26.81 
 
 		 180 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0232  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.27 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.46 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  30.19 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0488  sarcosine oxidase gamma subunit  32.81 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.96 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0594  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.12 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  29.37 
 
 		 153 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  28.35 
 
 		 815 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  31.93 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  26.77 
 
 		 815 aa  49.3  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1144  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.05 
 
 		 193 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.13 
 
 		 171 aa  48.9  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0162  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 64 aa  48.9  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  26.61 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.52 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  27.56 
 
 		 815 aa  47  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  25.38 
 
 		 825 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  27.13 
 
 		 819 aa  46.6  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  32.65 
 
 		 816 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0516  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.38 
 
 		 172 aa  43.9  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  28.8 
 
 		 357 aa  42.7  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  25.98 
 
 		 817 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  27.03 
 
 		 367 aa  42.4  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.4 
 
 		 368 aa  42  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  22.05 
 
 		 812 aa  42  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  29.59 
 
 		 843 aa  42  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>