43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0516 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0516  sarcosine oxidase, gamma subunit  100 
 
 		 172 aa  337  5.9999999999999996e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  50.29 
 
 		 185 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  47.37 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  47.37 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  40.35 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.82 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  32.19 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.1 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.73 
 
 		 210 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  30.77 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  35.87 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  28.38 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  36 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  30.53 
 
 		 211 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  30.53 
 
 		 211 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  35.05 
 
 		 212 aa  51.2  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  31.69 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  35.9 
 
 		 216 aa  49.7  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  29.81 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  29.81 
 
 		 210 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  28.74 
 
 		 210 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.78 
 
 		 218 aa  47.8  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  27.88 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  26.75 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.43 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  30 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.52 
 
 		 211 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  32.52 
 
 		 211 aa  45.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.1 
 
 		 198 aa  44.7  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.1 
 
 		 198 aa  44.7  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  31.71 
 
 		 201 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  33.06 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.06 
 
 		 196 aa  43.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  33.33 
 
 		 370 aa  42.7  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  32.98 
 
 		 389 aa  42.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.39 
 
 		 196 aa  41.6  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  30 
 
 		 206 aa  41.6  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  30.08 
 
 		 210 aa  41.2  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.82 
 
 		 185 aa  41.2  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  28.06 
 
 		 182 aa  40.8  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  32.26 
 
 		 210 aa  40.8  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1144  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.49 
 
 		 193 aa  40.8  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>