80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0348 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  100 
 
 		 210 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  100 
 
 		 210 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  98.1 
 
 		 210 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  95.24 
 
 		 210 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  79.05 
 
 		 210 aa  347  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  76.19 
 
 		 210 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  74.29 
 
 		 210 aa  332  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  75.24 
 
 		 209 aa  327  7e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  70.62 
 
 		 211 aa  291  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  70.62 
 
 		 211 aa  291  5e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  50.52 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  50.52 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  48.06 
 
 		 217 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  46.23 
 
 		 219 aa  170  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  33.86 
 
 		 211 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  34.39 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.84 
 
 		 210 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  36.42 
 
 		 210 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  33.86 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.84 
 
 		 210 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 211 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.84 
 
 		 210 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.67 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  33.17 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  34.68 
 
 		 210 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  34.3 
 
 		 210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  36.42 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  35.47 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.54 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.94 
 
 		 190 aa  101  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  30.69 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.14 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.41 
 
 		 218 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.85 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  36.84 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  32.4 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.25 
 
 		 209 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  30.94 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.15 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.41 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  33.52 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  32.39 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  30 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  30.17 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.48 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.21 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  30.64 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  29.44 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  31.67 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.48 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.65 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.65 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  29.84 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.01 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  25.34 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0488  sarcosine oxidase gamma subunit  36.49 
 
 		 111 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0232  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.15 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.93 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  30.83 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  27.97 
 
 		 153 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  28.57 
 
 		 177 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.42 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  29.14 
 
 		 176 aa  53.1  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.98 
 
 		 196 aa  52  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.61 
 
 		 181 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  29.26 
 
 		 197 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  25.95 
 
 		 825 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  33.91 
 
 		 179 aa  49.7  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1144  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.11 
 
 		 193 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  23.94 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  28.35 
 
 		 815 aa  47.8  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0162  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 64 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  27.13 
 
 		 815 aa  46.6  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  32.14 
 
 		 181 aa  45.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  37.36 
 
 		 816 aa  45.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0594  sarcosine oxidase, gamma subunit  25.68 
 
 		 182 aa  45.1  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  30.4 
 
 		 364 aa  45.1  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.16 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.27 
 
 		 209 aa  42.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0516  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.03 
 
 		 172 aa  42  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>