60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0972 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  100 
 
 		 189 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  47.03 
 
 		 185 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  45.95 
 
 		 185 aa  154  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  44.32 
 
 		 185 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  45.96 
 
 		 171 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0516  sarcosine oxidase, gamma subunit  38.24 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  30.48 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  30.48 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.06 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  29.19 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  29.41 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  29.41 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  29.95 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  31.1 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  29.19 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.57 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.57 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  34.32 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  30.57 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.3 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  29.09 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.12 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.12 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  29.94 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.94 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  36.36 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  28.66 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  30.12 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  32.72 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  32.72 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  30 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  35 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.81 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  28.9 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  26.75 
 
 		 210 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  28.92 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  32.68 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.12 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  29.3 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.71 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.82 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  35.45 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0594  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.25 
 
 		 182 aa  53.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  25.88 
 
 		 216 aa  52.4  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.88 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  29.87 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3448  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.93 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.16 
 
 		 196 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.46 
 
 		 196 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  30.4 
 
 		 171 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  29.46 
 
 		 196 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  26.24 
 
 		 185 aa  47.4  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  29.17 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.67 
 
 		 218 aa  46.2  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.52 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  26.99 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  28.23 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.71 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.25 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.08 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>