72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3778 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  100 
 
 		 188 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  66.48 
 
 		 184 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  67.61 
 
 		 182 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  63.07 
 
 		 182 aa  225  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  46.58 
 
 		 197 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  43.33 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  47.5 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  46.25 
 
 		 196 aa  108  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  43.21 
 
 		 199 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  39.87 
 
 		 176 aa  105  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  54.95 
 
 		 196 aa  105  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  40.44 
 
 		 179 aa  93.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.33 
 
 		 198 aa  87.8  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.33 
 
 		 198 aa  87.8  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0594  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.93 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  42.2 
 
 		 180 aa  84.3  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  39.88 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0232  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.42 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.95 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.8 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.25 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  33.8 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.1 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.57 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.1 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  34.69 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  32.41 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  31.69 
 
 		 210 aa  72  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  33.58 
 
 		 211 aa  72  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.69 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  34.33 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  32.17 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  30.99 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.17 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  31.54 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  30.77 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  33.58 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.77 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.77 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  30.5 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.84 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  30.28 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.68 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  30.07 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  30 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.72 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.33 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.86 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.72 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  30.5 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  30.5 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.29 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.86 
 
 		 217 aa  53.9  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  35.05 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  30 
 
 		 212 aa  52.8  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  30.69 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  31.01 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.81 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.18 
 
 		 200 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.04 
 
 		 171 aa  47.8  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0455  hypothetical protein  27.74 
 
 		 227 aa  45.8  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.847985  normal  0.256797 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.57 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  28.78 
 
 		 153 aa  45.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.3 
 
 		 185 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.48 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.21 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.56 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  28.8 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3448  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.57 
 
 		 193 aa  43.5  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.03 
 
 		 185 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  28.03 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  32.1 
 
 		 181 aa  41.2  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>