69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2880 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  100 
 
 
194 aa  377  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  50.76 
 
 
206 aa  158  6e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  48.24 
 
 
190 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  37.31 
 
 
210 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  39.51 
 
 
211 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  39.51 
 
 
201 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  38.89 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.31 
 
 
218 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  38.89 
 
 
211 aa  97.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  36.67 
 
 
216 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  35.75 
 
 
216 aa  94.7  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  35.45 
 
 
210 aa  94.4  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.27 
 
 
210 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.27 
 
 
210 aa  93.6  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.5 
 
 
212 aa  93.6  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  37.27 
 
 
210 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.93 
 
 
218 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.65 
 
 
210 aa  92  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  36.16 
 
 
210 aa  91.7  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  36.65 
 
 
209 aa  90.9  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.65 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.46 
 
 
211 aa  89  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  39.72 
 
 
217 aa  87  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  35.71 
 
 
217 aa  80.9  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  36.17 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  37.59 
 
 
219 aa  77.8  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  35.71 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.07 
 
 
198 aa  74.7  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.07 
 
 
198 aa  74.7  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  39.57 
 
 
209 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.12 
 
 
210 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  35.17 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  40.44 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  35.92 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  34.48 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  35.92 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.48 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.48 
 
 
210 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.54 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  33.33 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0488  sarcosine oxidase gamma subunit  48.1 
 
 
111 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.1 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  35.26 
 
 
182 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.97 
 
 
200 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0162  sarcosine oxidase, gamma subunit  48.39 
 
 
64 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  32.56 
 
 
182 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  32.16 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.57 
 
 
184 aa  56.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  32.14 
 
 
199 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  33.57 
 
 
188 aa  55.8  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.36 
 
 
196 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  30.86 
 
 
196 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2449  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.84 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.497358  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2221  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.9 
 
 
190 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.818428  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  31.95 
 
 
179 aa  52  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 
197 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  40.96 
 
 
176 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  31.62 
 
 
201 aa  49.7  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.88 
 
 
186 aa  48.9  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 
171 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  29.1 
 
 
176 aa  47  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  28.81 
 
 
177 aa  46.6  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3475  hypothetical protein  34.57 
 
 
192 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3448  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.05 
 
 
193 aa  44.7  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2101  hypothetical protein  29.7 
 
 
194 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.25 
 
 
189 aa  43.9  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.58 
 
 
218 aa  42.7  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.55 
 
 
209 aa  41.2  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.73 
 
 
185 aa  41.2  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>