74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4543 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  100 
 
 		 209 aa  425  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  99.52 
 
 		 209 aa  423  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  93.33 
 
 		 210 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  92.86 
 
 		 210 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  92.86 
 
 		 210 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  92.86 
 
 		 210 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  89.05 
 
 		 210 aa  387  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  79.05 
 
 		 210 aa  349  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  76.67 
 
 		 210 aa  339  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  75.83 
 
 		 211 aa  332  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  75.36 
 
 		 211 aa  329  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  75.36 
 
 		 211 aa  328  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  76.65 
 
 		 201 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  75.12 
 
 		 217 aa  309  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  64.98 
 
 		 216 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  61.47 
 
 		 218 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  60.55 
 
 		 218 aa  272  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0488  sarcosine oxidase gamma subunit  78.26 
 
 		 111 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.17 
 
 		 210 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  40.72 
 
 		 190 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0162  sarcosine oxidase, gamma subunit  78.12 
 
 		 64 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.67 
 
 		 210 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  33.67 
 
 		 210 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.33 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.1 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  34.03 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.03 
 
 		 210 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  32.18 
 
 		 210 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  35.48 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  37.82 
 
 		 211 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  37.82 
 
 		 211 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  34 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.33 
 
 		 198 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.33 
 
 		 198 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.65 
 
 		 194 aa  90.5  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  34.29 
 
 		 216 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.57 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.68 
 
 		 219 aa  89.4  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.16 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  34.51 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.8 
 
 		 184 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.36 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  33.57 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.94 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  32.17 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.09 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  36.97 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.07 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.13 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.43 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.13 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  35.45 
 
 		 176 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.67 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  28.29 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  29.35 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  29.75 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.15 
 
 		 171 aa  53.9  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.54 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  27.91 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  28.9 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.05 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  30.97 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  26.35 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0232  sarcosine oxidase, gamma subunit  26.03 
 
 		 184 aa  49.7  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 181 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1873  sarcosine oxidase, gamma subunit  25.3 
 
 		 185 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.508679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  27.07 
 
 		 176 aa  46.6  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1144  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.47 
 
 		 193 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  24.11 
 
 		 180 aa  45.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.48 
 
 		 186 aa  45.4  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2221  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 190 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.818428  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2449  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.94 
 
 		 190 aa  42  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.497358  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3475  hypothetical protein  31.94 
 
 		 192 aa  41.6  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>