52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3286 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  100 
 
 		 177 aa  356  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  43.75 
 
 		 176 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  41.42 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  42.11 
 
 		 181 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.75 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.72 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.84 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  29.82 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  36.84 
 
 		 209 aa  62  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.81 
 
 		 198 aa  60.8  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.81 
 
 		 198 aa  60.8  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  30.53 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  34.51 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.65 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.48 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  30.09 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  36.52 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  31.78 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  28.57 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  28.57 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  27.73 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  26.83 
 
 		 210 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  23.67 
 
 		 211 aa  52  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  26.56 
 
 		 211 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  26.56 
 
 		 211 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  25.74 
 
 		 182 aa  51.2  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  28.33 
 
 		 201 aa  50.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  30.69 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  31.16 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  24.63 
 
 		 210 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  23.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  27.14 
 
 		 184 aa  47.8  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  26.61 
 
 		 209 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.19 
 
 		 199 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  25.98 
 
 		 210 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  27.5 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  28.81 
 
 		 194 aa  46.6  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2263  putative sarcosine oxidase  30.63 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.670843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  24.37 
 
 		 210 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  29.36 
 
 		 210 aa  45.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  31.53 
 
 		 197 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  27.97 
 
 		 216 aa  45.1  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.57 
 
 		 210 aa  44.7  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  29.57 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  29.13 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.77 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.3 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  30.84 
 
 		 196 aa  42  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  30.84 
 
 		 196 aa  42.4  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  33.8 
 
 		 216 aa  42.4  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  30.84 
 
 		 196 aa  42  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.8 
 
 		 171 aa  41.2  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>