27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2263 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2263  putative sarcosine oxidase  100 
 
 		 192 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.670843 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  42.7 
 
 		 185 aa  120  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3448  sarcosine oxidase, gamma subunit  41.92 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.74 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.18 
 
 		 209 aa  52  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.9 
 
 		 190 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  45 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  31.3 
 
 		 216 aa  47.8  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.94 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  34.31 
 
 		 210 aa  47.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  30.63 
 
 		 177 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  44.44 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 212 aa  45.8  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.71 
 
 		 218 aa  45.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  40.62 
 
 		 153 aa  45.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.13 
 
 		 181 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  37.14 
 
 		 210 aa  45.1  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  40 
 
 		 201 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  39.29 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  40 
 
 		 211 aa  42.7  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  32.32 
 
 		 210 aa  42.7  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  30.7 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.18 
 
 		 218 aa  42.4  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.89 
 
 		 209 aa  41.2  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  31.76 
 
 		 216 aa  41.2  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  43.33 
 
 		 206 aa  41.2  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  38.18 
 
 		 211 aa  41.2  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>