More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2507 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2507  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  100 
 
 		 338 aa  699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.445797  normal  0.20531 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  77.78 
 
 		 341 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0779  LacI family transcription regulator  54.01 
 
 		 339 aa  354  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0707  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  54.1 
 
 		 331 aa  345  7e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  35.07 
 
 		 360 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1962  transcriptional regulator, LacI family  37.42 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4598  transcriptional regulator, LacI family  37.26 
 
 		 367 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2027  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.99 
 
 		 346 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.571384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3243  LacI family transcription regulator  33.99 
 
 		 344 aa  189  7e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  34 
 
 		 371 aa  179  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 340 aa  170  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  32.58 
 
 		 356 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  35.31 
 
 		 350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.45 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  32.9 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  32.92 
 
 		 364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  29.77 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3267  transcriptional regulator, LacI family  31.48 
 
 		 361 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 391 aa  152  7e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3139  LacI family transcription regulator  30.96 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2898  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4466  LacI family transcription regulator  29.87 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2894  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  31.33 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4611  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6831  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 351 aa  143  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.65 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 386 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.34 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3366  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.621773  hitchhiker  0.000736287 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0233  regulatory protein LacI  31.38 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.34 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 340 aa  139  7e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.24 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 337 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  30.24 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0141  transcriptional regulator, LacI family  27.49 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.33 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.38 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5702  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  31.04 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3304  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 358 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000642763  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.73 
 
 		 331 aa  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 358 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 340 aa  136  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  29.03 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 340 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.38 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.23 
 
 		 356 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 		 348 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1039  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 335 aa  135  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0590  LacI family transcription regulator  29.31 
 
 		 346 aa  135  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000145078  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.49 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.28 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  30.12 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  30.66 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.53 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.43 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4438  transcriptional regulator, LacI family  29.1 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0401839 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.52 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  35.23 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.09 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1104  periplasmic sugar binding transcriptional regulator  29.32 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.242225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  25.51 
 
 		 346 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.57 
 
 		 342 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.57 
 
 		 342 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0508  LacI family transcription regulator  29.05 
 
 		 351 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000735974 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.57 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>