More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0779 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0779  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  701    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0707  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  683    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2507  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  54.01 
 
 		 338 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.445797  normal  0.20531 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  54.03 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  36.9 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  34.78 
 
 		 360 aa  196  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4598  transcriptional regulator, LacI family  35.73 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1962  transcriptional regulator, LacI family  37.22 
 
 		 352 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  34.49 
 
 		 373 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.73 
 
 		 350 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3243  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 344 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  32.11 
 
 		 340 aa  176  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 342 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2027  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.9 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.571384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 		 329 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.33 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 386 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  31.42 
 
 		 328 aa  152  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 371 aa  152  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  30.38 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 356 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 340 aa  150  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.07 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 350 aa  149  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.1 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 333 aa  146  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.52 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  28.96 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 351 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.45 
 
 		 338 aa  143  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.16 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 		 337 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3001  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 340 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  29.2 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0779  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.35 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.561354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.04 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.76 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.76 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.76 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.76 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.76 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  27.6 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  28.24 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.31 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7169  transcriptional repressor RbsR  29.91 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0351473 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 331 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4466  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  32.41 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.32 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  29.24 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  29.67 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.32 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  28.61 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 533 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 343 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 350 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  30.2 
 
 		 347 aa  135  8e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  29.15 
 
 		 339 aa  135  8e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 348 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 340 aa  135  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  29.34 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  29.24 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  27.33 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  28.44 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.07 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.14 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>